医学图像中的atlas代表什么

“Atlas”一词通常指带有标签的地图，可以用来作为导航工具，以找到相对于其他店在一个地理区域内的位置。这些altas可以非常精确，提供地图上的点与实际位置之间的一一对应关系。因此，一个atlas可以概括为与一组结构相关的特定结构的一组描述符。在医学上，人体解剖学atlas是一个完全标记的人体图 ，可以通过它来找到特定的解剖区域或亚解剖区域。

上图代表的就是医学图像分析中的Atlas。

最上面一排从左到右代表的分别是：腹部3D CT扫描中手工标记的肾脏和肝脏，从单一图像中表示的肾脏和肝脏，以图的方式表达的解剖结构相对位置。

中间一行从左到右代表的分别是：心脏内部次级结构的网格表示(可见心室和降主动脉)，人工标记心脏的3D胸部CT扫描的感兴趣的volume，灰质、白质和脑脊液磁共振强度图像的均值和协方差矩阵。

底部一行从左到右表示的分别是：冠状动脉的拓扑树表示，冠状动脉中心线从42张图像对齐到一个参考空间，从一个单一的3D胸部CT扫描标记主动脉和左心室血池。

说白了Atlas就是一个由多种信息表达组成的完备的医学信息导航图！

简单来说由于人的器官具有不同的形状和大小，因此医学图像在个体之间可能会发生显着变化。因此，一种可以代表医学图像以解决图像间可变性的方法至关重要。代表医学图像的一种流行方法是使用一个或多个atlas。这里，atlas指的是一个特定的模型，用于从训练数据集中学习参数的图像群体。

Atlas的最简单示例是平均强度图像，通常称为模板。但是，atlas还可以包含更丰富的信息，例如局部图像统计信息以及特定空间位置具有特定标签的概率。可以将训练期间未使用的新医学图像映射到atlas，该atlas已针对特定应用（例如分段和组分析）进行了量身定制。将图像映射到atlas通常需要将图像和atlas进行配准，这种变形可以用来解决医学图像间的变化性。

那么什么是基于Atlas的分割：

由于对齐技术，特别是配准技术的进步，使用人工标记的医学图像从新图像中分割相关解剖结构的概念变得可行。配准是在基于体素(voxel)的水平上对齐图像的过程，采用先进的方法，能够通过插值提供亚体素(sub-voxel)精度。一旦一个atlas图像被精确地对齐到一个新的图像，分割就是简单地将相关的标记体素传播到新的图像上的过程。扫描中的标记解剖学是关于感兴趣结构的位置、拓扑和形状信息的来源。它以物理上可想象的框架提供了这些信息，使临床医生可以很容易地根据需要构建图谱。该框架的额外好处是，提供了与解剖学有关的微妙特征，这些是可能被传统的特征检测方法忽略了隐式描述。

解剖变异自然存在，而Atlas可以通过多种方式捕捉这些变异，只要在训练或者atlas集创建阶段提供足够的数据。统计atlas的总体方差模型就是这种方法的一个很好的例子。因此，基于atlas的分割提供了一个快速、简单、优雅的框架。