bam文件的理解

bam文件的理解
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https://www.jianshu.com/p/705330b383c3
$ less -SN in.sam # 打开sam文件
$ samtools view -h in.bam # 打开bam文件
 接下来我们重点看看每一列在我们的分析中起到的作用。
   - reads name: 每一条reads的查询名称，来源于fastq文件；
   - flag：flag是比对质量的重要信息，不同的值代表比对结果的类型。Flag是比对结果质量的一个直观表述。该值是一个10进制的结果，根据表格可转换成二进制对应的质量描述，用来对数据进行过滤。比如说过滤掉未比对到参考基因组的reads（Flag=4），过滤掉二次比对的reads(Flag=256)，过滤掉嵌合reads（Flag=2048），使用samtools过滤的方法为：
samtools view -h -q 20 -F 4 -F 256 -F 2048 -Sb sample.bam > sample.filter.bam
  比如十进制数据77 = 000001001101 = 1 + 4 + 8 +64，这样就得到了这个FLAG包含的意思：PE read，read比对不上参考序列，它的配对read也同样比不上参考序列，它是read1。
二进制的质量描述见下表：

作者：静小沐
链接：https://www.jianshu.com/p/705330b383c3
第一，把你想查看的那部分区域用samtools view提取出来，生成一份小一些的BAM，然后下载下来，在导入到IGV中。

$ samtools view -h in.bam chr22:16050103-16050203 | samtools view -Sb - > small.bam
第二，不下载，直接在终端用samtools tview进行查看。samtools tview有类似于IGV的功能，虽然体验会稍差一些。

$ samtools tview --reference hg38.fa in.bam

在该模式下，按下键盘‘g’后，会跳出一个Goto框，在里面输入想要调整过去的位置，就行了，比如：