bam文件格式说明

• bam文件说明
  bam文件和sam文件内容其实是一样的，只是bam是二进制的压缩文件，需要通过特定的软件来进行查看，bam文件通常可以理解为12个字段组成
  BAM格式分为header section（头部分，注释信息，以@开头，可有可无）和alignment section（比对结果）两个部分。
• alignment section由11个字段组成
  1 序列的名字，也就是reads的名称
  2 是一个标记的数字，是有需要转换成二进制才能知道代表的意思，各个数字分别代表

`1. 序列是一对序列中的一个`
`2. 比对结果是一个pair-end比对的末端`
`4. 没有找到位点`
`8. 这个序列是pair中的一个但是没有找到位点`
`16. 在这个比对上的位点，序列与参考序列反向互补`
`32. 这个序列在pair-end中的的mate序列与参考序列反响互补`
`64. 序列是 mate 1`
`128. 序列是 mate 2`
假如说标记为以上列举出的数目，就可以直接推断出匹配的情况。假如说标记不是以上列举出的数字，比如说83=（64+16+2+1），就是这几种情况值和，可以使用二进制数来表示

3 参考序列的名字