细胞cluster分群聚类教程和结果解读

细胞cluster分群聚类,为手动细胞注释做准备

软件下载安装

我开发了一款本地电脑无限使用的零代码生信数据分析作软图神器电脑软件OmicsTools，欢迎大家使用OmicsTools进行生物医学科研数据分析和作图，该软件件能让大家在不需要任何编程和代码编写的基础上，分析次数没有限制，可以无限使用，让您在自己的电脑上快速进行大量的生信分析和加速大家的科学研究。
我开发的本地电脑无限使用无限分析作图的生信零代码一键分析电脑软件神器OmicsTools 软件在github上的zihaoxingstudy1/OmicsTools仓库 中，大家可以下载安装OmicsTools进行各种生信分析和可视化作图。
软件下载官方网址: https://github.com/zihaoxingstudy1/OmicsTools ，大家可以下载安装OmicsTools进行各种生信分析和可视化作图。

参数解释

func_sc__type：如果是用seurat做的多样本整合后就选integrated,否则如果是harmony整合，就选RNA

nested_function：是否嵌套函数

run_file_path：使用scalse缩放和PCA降维处理好的seurat对象的rds格式数据集

run_read_file: 是否要读取文件

run_add__res__dir: 是否要新建一个res_dir存储结果文件

run_add_save_file_prefix: 是否要添加结果保存文件的前缀

提交

默认参数值

func_sc__type: RNA ; nested_function: TRUE ;

run_file_path:D:/omics_tools/demo_data/res_dir/renal_cancer/GSE159115/4.scale_pca/step4_scale_pca_scrnaseq_after_scaled_runpca.rds ;

run_read_file: FALSE ;

run_add__res__dir: FALSE ;

run_add_save_file_prefix: FALSE

运行窗口展示

运行完成的显示信息:

执行已完成,运行结果保存的目录位置为: D:/omics_tools/demo_data/res_dir/renal_cancer/GSE159115/4.scale_pca; 分析结果日志保存的路径为: D:/omics_tools/demo_data/res_dir/renal_cancer/GSE159115/4.scale_pca\step4_scale_pca_scrnaseq_after_scaled_runpca_last_final_run_res_log.csv

运行完成的文件列表

尝试多种分辨率后的聚类分群结果

详细的视频教学教程讲解和运行参数及结果解读见下方的b站教学视频：

https://www.bilibili.com/video/BV1VC41157aW/