PSMC:软件命令参数详解

=> PSMC
Program: psmc (Pairwise SMC Model)
Version: 0.6.5-r67
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Usage:   psmc [options] input.txt

Options: -p STR      pattern of parameters [4+5*3+4]
         -t FLOAT    maximum 2N0 coalescent time [15]
         -N INT      maximum number of iterations [30]
         -r FLOAT    initial theta/rho ratio [4]
         -c FILE     CpG counts generated by cntcpg [null]
         -o FILE     output file [stdout]
         -i FILE     input parameter file [null]
         -T FLOAT    initial divergence time; -1 to disable [-1]
         -b          bootstrap (input be preprocessed with split_psmcfa)
         -S          simulate sequence
         -d          perform decoding
         -D          print full posterior probabilities

PSMC（Pairwise SMC Model）版本0.6.5-r67的使用说明，以下是命令参数的详细解释：

• p STR：参数模式字符串。这个参数定义了PSMC模型中用于估计人口历史的时间段（bin）的配置。默认值是**4+5*3+4**，这表示模型的时间分辨率在不同的历史阶段是不同的，以适应人口大小变化的速率不同的特点。
• t FLOAT：最大2N0共祖时间，其中N0是参考有效人口大小。这个参数控制模型考虑的时间深度，有助于调整模型估计的时间范围。默认值为15。
• N INT：最大迭代次数，这指定了PSMC运行过程中最大的迭代轮数。迭代次数越多，结果可能越精确，但计算时间也会增加。默认值是30。
• r FLOAT：初始θ/ρ比率，其中θ代表突变率，ρ代表重组率。这个比率影响模型对人口历史的估计，尤其是在缺乏先验知识时。默认值为4。
• c FILE：CpG计数文件的路径，这个文件由**cntcpg**工具生成。CpG岛的存在可能会影响局部的突变率，因此这个参数允许模型考虑这一点，尽管默认情况下不使用这个选项。
• o FILE：输出文件的路径。如果不指定，PSMC的输出将直接打印到标准输出（stdout）。
• i FILE：输入参数文件的路径。这允许用户从先前运行的结果或调整过的参数文件中加载参数，以便进行进一步分析或调整模型。
• T FLOAT：初始分化时间，设置为-1则禁用此功能。这个参数可以帮助模型初始化，在某些情况下提高估计的准确性或效率。
• b：执行bootstrap分析。这需要输入文件预先用**split_psmcfa**工具处理。Bootstrap方法可以帮助评估估计结果的可靠性和置信区间。
• S：模拟序列。这个选项允许用户生成模拟的基因组序列数据，以测试PSMC模型的性能或进行方法学研究。
• d：执行解码。这个选项使PSMC输出每个时间段内的人口大小估计，而不仅仅是总体的历史趋势。
• D：打印完整的后验概率。这将输出模型在每个时间段内对人口大小估计的完整概率分布，有助于深入理解估计结果的不确定性。

这些选项共同为用户提供了强大的灵活性，以适应不同的研究需求和数据特点。使用这些参数时，建议详细阅读PSMC的文档和相关的科学文献，以确保参数的正确设置和结果的合理解释。