=> psmc_plot.pl
Usage: psmc_plot.pl [options] <out.prefix> <in.psmc>
Options: -u FLOAT absolute mutation rate per nucleotide [2.5e-08]
-s INT skip used in data preparation [100]
-X FLOAT maximum generations, 0 for auto [0]
-x FLOAT minimum generations, 0 for auto [10000]
-Y FLOAT maximum popsize, 0 for auto [0]
-m INT minimum number of iteration [5]
-n INT take n-th iteration (suppress GOF) [20]
-M titles multiline mode [null]
-f STR font for title, labels and tics [Helvetica,16]
-g INT number of years per generation [25]
-w INT line width [4]
-P STR position of the keys [right top]
-T STR figure title [null]
-N FLOAT false negative rate [0]
-S no scaling
-L show the last bin
-p convert to PDF (with epstopdf)
-R do not remove temporary files
-G plot grid
**psmc_plot.pl
**是PSMC(Pairwise Sequentially Markovian Coalescent)工具包中的一个Perl脚本,用于将PSMC分析的输出结果转换为图形化的展示。下面是对该脚本可用选项的详细解释:
必需参数
<out.prefix>
:指定输出文件的前缀。生成的图形文件将使用这个前缀。<in.psmc>
:输入的PSMC结果文件,通常是**.psmc
**扩展名的文件。
可选参数
u FLOAT
:指定每个核苷酸的绝对突变率。默认值为**2.5e-08
**。这个参数对时间轴的缩放有直接影响。s INT
:在数据准备阶段使用的跳过(skip)数目,默认值为**100
**。这个参数影响数据的稀释程度。X FLOAT
:最大代数(时间)。设为**0
**时,将自动决定最大值。这个参数设置图表的时间轴上限。x FLOAT
:最小代数(时间),设为**0
**时,将自动决定最小值。这个参数设置图表的时间轴下限。Y FLOAT
:最大种群大小,设为**0
**时,将自动决定最大值。这个参数设置图表纵坐标的上限。m INT
:最小迭代次数,默认值为**5
**。这个参数用于控制结果的稳定性和可靠性。n INT
:取第n次迭代的结果,默认值为**20
**。这个参数允许用户选择特定的迭代结果进行展示。M titles
:多行模式下的标题。当需要同时展示多个PSMC结果时使用。f STR
:设置图表中标题、标签和刻度的字体,默认为**Helvetica,16
**。g INT
:每代对应的年数,默认值为**25
**。这个参数用于将代数转换为实际的年份。w INT
:线宽,默认值为**4
**。这个参数设置图表中曲线的宽度。P STR
:图例的位置,默认为**right top
**(右上角)。T STR
:图表的标题。如果未指定,则不显示标题。N FLOAT
:假阴性率,默认值为**0
**。这个参数可能用于调整模型的敏感性。S
:禁用缩放。如果设置了这个选项,将不会根据突变率和代数调整时间尺度。L
:显示最后一个区间。在某些情况下,最后一个区间可能因为数据稀缺而被忽略。p
:将输出转换为PDF格式。需要有**epstopdf
**工具。R
:在脚本运行结束后不删除临时文件。G
:在图表中绘制网格线,有助于更好地读取数据点。
这些选项使得**psmc_plot.pl
**脚本在绘制PSMC结果图时非常灵活,允许用户根据自己的需要调整图形的多个方面,从而更清晰地展示分析结果。