PSMC: psmc_plot.pl 参数详解

**psmc_plot.pl**是PSMC（Pairwise Sequentially Markovian Coalescent）工具包中的一个Perl脚本，用于将PSMC分析的输出结果转换为图形化的展示。下面是对该脚本可用选项的详细解释：

必需参数

• <out.prefix>：指定输出文件的前缀。生成的图形文件将使用这个前缀。
• <in.psmc>：输入的PSMC结果文件，通常是**.psmc**扩展名的文件。

可选参数

• u FLOAT：指定每个核苷酸的绝对突变率。默认值为**2.5e-08**。这个参数对时间轴的缩放有直接影响。
• s INT：在数据准备阶段使用的跳过（skip）数目，默认值为**100**。这个参数影响数据的稀释程度。
• X FLOAT：最大代数（时间）。设为**0**时，将自动决定最大值。这个参数设置图表的时间轴上限。
• x FLOAT：最小代数（时间），设为**0**时，将自动决定最小值。这个参数设置图表的时间轴下限。
• Y FLOAT：最大种群大小，设为**0**时，将自动决定最大值。这个参数设置图表纵坐标的上限。
• m INT：最小迭代次数，默认值为**5**。这个参数用于控制结果的稳定性和可靠性。
• n INT：取第n次迭代的结果，默认值为**20**。这个参数允许用户选择特定的迭代结果进行展示。
• M titles：多行模式下的标题。当需要同时展示多个PSMC结果时使用。
• f STR：设置图表中标题、标签和刻度的字体，默认为**Helvetica,16**。
• g INT：每代对应的年数，默认值为**25**。这个参数用于将代数转换为实际的年份。
• w INT：线宽，默认值为**4**。这个参数设置图表中曲线的宽度。
• P STR：图例的位置，默认为**right top**（右上角）。
• T STR：图表的标题。如果未指定，则不显示标题。
• N FLOAT：假阴性率，默认值为**0**。这个参数可能用于调整模型的敏感性。
• S：禁用缩放。如果设置了这个选项，将不会根据突变率和代数调整时间尺度。
• L：显示最后一个区间。在某些情况下，最后一个区间可能因为数据稀缺而被忽略。
• p：将输出转换为PDF格式。需要有**epstopdf**工具。
• R：在脚本运行结束后不删除临时文件。
• G：在图表中绘制网格线，有助于更好地读取数据点。

这些选项使得**psmc_plot.pl**脚本在绘制PSMC结果图时非常灵活，允许用户根据自己的需要调整图形的多个方面，从而更清晰地展示分析结果。