做生物信息学的小伙伴可以体会到生物方面的数据文件一般是比较大的,直接下载和上传的时候会比较慢或者出现中断问题,Aspera的出现很好的给出了一种解决这个问题的方法,不仅下载速度更快,稳定性也有明显提升。
本文主要介绍向NCBI上传数据时的使用方法
首先,必须安装Aspera软件:
1.下载IBM Aspera软件,官方网址:https://downloads.asperasoft.com/connect2/
2.开始安装
点击下一步
接受条款,继续下一步
选择典型或者自定义都可以,对一般使用没有影响,然后下一步
点击安装
等待安装完成即可
3.安装已经完成,现在需要找到安装文件夹
默认一般为:C:\Users\用户名\AppData\Local\Programs\Aspera
对此文件夹重命名,去掉空格
依次进入bin文件夹,复制文件夹的路径,一会要使用里面的ascp.exe,我的路径为:C:\Users\lx\AppData\Local\Programs\Aspera\AsperaConnect\bin
4.windows+R 搜索打开cmd命令行窗口
5.输入命令 cd C:\Users\lx\AppData\Local\Programs\Aspera\AsperaConnect\bin
(记得将路径替换为自己的)
6.输入上传命令:
ascp -i <path/to/key_file> -QT -l100m -k1 -d <path/to/folder/containing files> subasp@upload.ncbi.nlm.nih.gov:xxx
其中:
<path/to/key_file>: 远程传输协议文件完整路径,在该软件为asperaweb_id_dsa.openssh文件,应为:
C:\Users\lx\AppData\Local\Programs\Aspera\AsperaConnect\etc\asperaweb_id_dsa.openssh (记得修改为自己的路径)
-l: 上传文件大小,根据实际情况而定
<path/to/folder/containing files>: 应替换为要上传的数据文件的完整路径,例如:H:\mydata\test.gz
最后 subasp@后面的部分根据NCBI账户的不同是不同的,登录之后网站会自动给出,替换为自己的即可。