(rna) [admin@cluster sra]$ cat sratofastq
#!/bin/bash
#$ -cwd
#$ -S /bin/bash
#$ -l p=10
cd /data/admin/yyp/yypold/bio/bedtools/sra
~/miniconda3/envs/rna/bin/fastq-dump --gzip --split-3 -A SRR391033.2 -O /data/admin/yyp/yypold/bio/bedtools/raw
(rna) [admin@cluster sra]$
#!/bin/bash
#$ -cwd
#$ -S /bin/bash
#$ -l p=10
cd /data/admin/yyp/yypold/bio/bedtools/sra
for ((i=40;i<=50;i++));do ~/miniconda3/envs/rna/bin/fastq-dump --gzip --split-3 -A SRR3910$i.2 -O /data/admin/yyp/yypold/bio/bedtools/raw;done
~/miniconda3/envs/rna/bin/fastq-dump
dump=~/miniconda3/envs/rna/bin/fastq-dump
analysis_dir=/data/admin/yyp/yypold/bio/bedtools/raw
下面用到的 config 文件,就是上面自行制作的。
cat config|while read id;
do echo
i
d
a
r
r
=
(
id arr=(
idarr=(id)
srr=
a
r
r
[
1
]
s
a
m
p
l
e
=
{arr[1]} sample=
arr[1]sample={arr[0]}
单端测序数据的sra转fasq
$dump -A $sample -O
a
n
a
l
y
s
i
s
d
i
r
−
−
g
z
i
p
−
−
s
p
l
i
t
−
3
s
r
a
/
analysis_dir --gzip --split-3 sra/
analysisdir−−gzip−−split−3sra/srr.2
done
#!/bin/bash
#$ -cwd
#$ -S /bin/bash
#$ -l p=10
cd /data/admin/yyp/yypold/bio/bedtools/sra
analysis_dir=/data/admin/yyp/yypold/bio/bedtools/raw
cat config|while read id;
do echo
i
d
a
r
r
=
(
id arr=(
idarr=(id)
srr=
a
r
r
[
1
]
s
a
m
p
l
e
=
{arr[1]} sample=
arr[1]sample={arr[0]}
~/miniconda3/envs/rna/bin/fastq-dump -A $sample -O $analysis_dir --gzip --split-3 $srr
done