sra to fastq

(rna) [admin@cluster sra]$ cat sratofastq
#!/bin/bash

#$ -cwd
#$ -S /bin/bash
#$ -l p=10

cd /data/admin/yyp/yypold/bio/bedtools/sra

~/miniconda3/envs/rna/bin/fastq-dump --gzip --split-3 -A SRR391033.2 -O /data/admin/yyp/yypold/bio/bedtools/raw
(rna) [admin@cluster sra]$

#!/bin/bash

#$ -cwd
#$ -S /bin/bash
#$ -l p=10

cd /data/admin/yyp/yypold/bio/bedtools/sra

for ((i=40;i<=50;i++));do ~/miniconda3/envs/rna/bin/fastq-dump --gzip --split-3 -A SRR3910$i.2 -O /data/admin/yyp/yypold/bio/bedtools/raw;done

~/miniconda3/envs/rna/bin/fastq-dump

dump=~/miniconda3/envs/rna/bin/fastq-dump

analysis_dir=/data/admin/yyp/yypold/bio/bedtools/raw

下面用到的 config 文件，就是上面自行制作的。

cat config|while read id;
do echo $idarr=($id)
srr=$arr[1]sample=${arr[0]}

单端测序数据的sra转fasq

$dump -A $sample -O $analysi{s}_{d}ir--gzip--split-3sra/$srr.2
done

#!/bin/bash

#$ -cwd
#$ -S /bin/bash
#$ -l p=10

cd /data/admin/yyp/yypold/bio/bedtools/sra
analysis_dir=/data/admin/yyp/yypold/bio/bedtools/raw

cat config|while read id；
do echo $idarr=($id)
srr=$arr[1]sample=${arr[0]}

~/miniconda3/envs/rna/bin/fastq-dump -A $sample -O $analysis_dir --gzip --split-3 $srr

done