NCBI下载SRA数据及转换为fastq形式

啥也不是·

已于 2024-05-10 18:21:46 修改

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分类专栏：生物信息大数据处理文章标签：生物信息

于 2024-05-10 18:14:05 首次发布

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NCBI下载SRA数据及转换为fastq形式

1、点击Accession List下载包含SRR*编号信息的文本文件 - SRR_Acc_List.txt
在这里插入图片描述
2、批量下载SRA数据与 fastq-dumq拆分SRA为fastq文件
prefetch软件安装：https://blog.csdn.net/yearstime/article/details/123719020

# conda安装
conda install -c bioconda sra-tools 

######## 单个SRR数据下载与拆分（测试） ######## 
prefetch SRR7692286

# 后台下载
# nohup prefetch SRR7692286 &

# fastq-dump为-A为指定文件名， --gzip为输出.gz压缩文件
fastq-dump --gzip --split-files -A SRR7692286 SRR7692286.sra

# 拆分sra文件, fastq-dump拆分报错，可尝试使用fasterq-dump
# fasterq-dump --split-files -A SRR7692286 SRR7692286.sra

######## 批量SRR数据下载与拆分 ######## 
# 根据SRR_Acc_List.txt批量下载，nohup为后台下载
prefetch --option-file SRR_Acc_List.txt

# 后台下载
# nohup  prefetch --option-file SRR_Acc_List.txt &

# 批量拆分sra文件为fastq.gz
cat SRR_Acc_List.txt|while read srr; do (fastq-dump --gzip --split-files -A $srr ${srr}.sra); done