sra是NCBI 推出的存储高通量数据的格式,下载后我们需要把sra 转成fastq,然后进行生信分析。下面分别讲一下下载和使用:
下载
下载地址:http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?cmd=show&f=software&m=software&s=software
选择适合自己的下载版本,下载后解压(解压命令:tar zxvf *.tar.gz)即可使用,转换软件(fastq-dump)位于bin文件夹下
使用
#single-end 单端测序
.../bin/fastq-dump SRR12816529.sra # 结果生成SRR12816529.fastq
.../bin/fastq-dump --gzip SRR12816529.sra # 结果生成SRR12816529.fastq.gz
#pair-end 双端测序
.../bin/fastq-dump --split-files SRR12816529.sra # 结果生成 SRR12816529_1.fastq,SRR12816529_2.fastq
.../bin/fastq-dump --split-files --gzip SRR12816529.sra # 结果生成 SRR12816529_1.fastq.gz,SRR12816529_2.fastq.gz