如何用fastq-dump把sra转成fastq

sra是NCBI 推出的存储高通量数据的格式，下载后我们需要把sra 转成fastq，然后进行生信分析。下面分别讲一下下载和使用：

下载

下载地址：http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?cmd=show&f=software&m=software&s=software
选择适合自己的下载版本，下载后解压（解压命令：tar zxvf *.tar.gz）即可使用，转换软件（fastq-dump）位于bin文件夹下

使用

#single-end 单端测序

.../bin/fastq-dump  SRR12816529.sra                 # 结果生成SRR12816529.fastq

.../bin/fastq-dump  --gzip  SRR12816529.sra      # 结果生成SRR12816529.fastq.gz

#pair-end  双端测序

.../bin/fastq-dump  --split-files  SRR12816529.sra                #  结果生成   SRR12816529_1.fastq，SRR12816529_2.fastq

.../bin/fastq-dump  --split-files  --gzip  SRR12816529.sra     #  结果生成   SRR12816529_1.fastq.gz，SRR12816529_2.fastq.gz