生信新包｜GeneTrajectory·单细胞基因轨迹推断

题目：Gene trajectory inference for single-cell data by optimal transport metrics

GeneTrajectory 是一种推断单细胞数据中基因轨迹（而不是细胞轨迹）的方法，有助于理解生物过程中的基因动态。

GeneTrajectory的主要工作流程：

步骤 1. 构建一个细胞到细胞的 kNN 图，其中每个细胞都与其 k 个最近邻单元相连。 找到连接图中每对细胞的最短路径，并将其长度表示为细胞之间的图形距离。

步骤 2. 计算基因分布之间基于成对图的 Wasserstein 距离，该距离量化将给定基因的分布传输到细胞图中另一个基因的分布的最小成本。

步骤 3. 基于基因-基因 Wasserstein 距离矩阵生成基因的低维表示（默认使用扩散图）。 以连续的方式识别基因轨迹。

步骤 4. 确定基因沿每个基因轨迹的顺序。 

GeneTrajectory 解析髓系基因动力学

GeneTrajectory 不需要指定每个过程的初始和终末细胞状态，而这些状态可以通过检查表达每个基因轨迹的终点基因的细胞群来自动揭示。

Dermal condensate genesis中的反卷积基因过程

通过使用 GeneTrajectory，每个生物过程都可以与其他过程反卷积并独立查看。

参考文献：Nat Biotechnol, 2024, doi: 10.1038/s41587-024-02186-3