PyMol操作

查看文件目录

pwd

修改文件目录

cd + <文件路径>

载入PDB文件

本地：

load <filename>

网络：

fetch <pdb id>，<object_name> #<object_name>可无

鼠标操作

键盘	左键	中键	右键
无	rotate,旋转图像	translate,平移	zomm,变焦
ctrl	\	\	移动截面：上下拖动调整前截面，左右拖动调整后截面
shift+ctrl	\	选定旋转中心	\

记录命令

开始记录：（文件拓展名为".pml"）

log_open <file_name>.pml

结束记录：

log_close

调用命令：

@<file_name>.pml

使用txt事先写好的文件可通过一下两种方式打开：

@<file_name>.txt #写入命令为pymol格式
run <filr_name>.txt #写入命令为python格式

显示

hide <representation> #以<representation>显示的对象消失
show <representation> #以<representation>显示的对象出现，新的表现形式出现，但原来的表示形式不消失

< representation>：lines, sticks, cartoon, ribbons, dots, spheres, meshes, surfaces

as <representation> #最终以<representation>显示，原有形式消失

enable <object_name> #显示对象
disable <object_name> #消除对象显示

选择与变换

select <selection_name>,<selection_expression> #selection_name为自主命名，selection_expression为固定的表达形式，如resi, atom, chain, ss h(二级结构α螺旋), ss s(β折叠), ss l+(其他包含loop的二级结构)等

变换命令：

zoom <selection_name\selection_expression> #以该<selection_name>命名的原子充满视野
orient <selection_name\selection_expression> #调整对象或选择，使其最大维度水平显示，次最大维度垂直显示
hide <representation>,<selection_name> #隐藏<selection_name>的<representation>表现形式
show <representation>,<selection_name> #显现<selection_name>的<representation>表现形式

删除选择：

delete <selection_name>

原子计数:

count_atoms <selection_name>

删除原子：

remove <selection_name\selection_expression>

颜色

color <color_name> #默认整个object着色
color <color_name>, <selection_expression/selection_name> #选择的部分着色

< color_name>: white, red, blue, green, yellow, orange等
背景颜色调白：

bg_color white

视野

view <name>,<action>

< name>: 自己命名该视野的名字
< action>:

store #保存该视野
recall\无命令 #调回该视野

保存图片

ray #给结构打光
png <file_name>

命令行快捷键

Tab键：自动补全

其他命令和帮助

help <keyword>

< keyword>: load, select等

cartoon表示

1. 精确:

 set cartoon_flat_sheets, 0 #禁止侧链浮离空间，给出更精确的结构描述

2. 平滑:

set cartoon_flat_sheets, 1
set cartoon_smooth_loops, 1
#开启平滑模式使展现的肽链结构更简略（大致展现出其肽链走向）

set cartoon_flat_sheets, 0
set cartoon_smoonth_loops, 0
#关闭平滑模式，精确反映肽链骨架结构

3. cartoon类型

cartoon <type>,<location>

< type>: automatic, loop, rect, oval, tube,
< location>: 选择变换的位置，如100:200

4. fancy helices

set cartoon_fancy_helices,0 #关闭fancy helices
set cartoon_fancy_helices,1 #开启