HiC|高通量染色体构象捕获技术

一、什么是HiC

  HiC（High-throughput chromosome conformation capture）是高通量染色体构象捕获技术的英文简称。HiC数据可以将scaffolds锚定到染色体上，即将基因组组装到染色体水平。

二、HiC的实验流程

  HiC实验操作简单、成本较低、实验周期较短，但是由于技术本身的限制，存在着噪声大、有效数据率较低的问题。

图1 HiC实验流程

  图1清晰的展示了HiC的实验流程，大体可分为以下6步。

1. 交联
     加入甲醛，甲醛能在常温下与氨基或羟基发生化学反应，将DNA与蛋白或蛋白与蛋白之间的空间构象固定下来。图1左数第1张图片，蓝色的和橘黄色的两条线代表着两条DNA，这两条DNA在空间上距离很近，可以看到有一个蛋白将它们固定在了一起（蛋白质是DNA形成高级结构的重要元件），但它们在二维上可能距离较远，甚至两条链来自于两条不同的染色体。
2. 限制性内切酶酶切，生物素补平
     使用限制性内切酶HindⅢ（识别位点A^AGCTT）或MobⅠ（识别位点^GATC），使用内切酶切开后会产生粘性末端，然后使用带有生物素标签的胞嘧啶碱基进行补平，以在后续的实验中识别到酶切的位点。
3. 邻近连接
     使用DNA连接酶连接DNA片段，此时，DNA仍被蛋白