一、什么是HiC
HiC(High-throughput chromosome conformation capture)是高通量染色体构象捕获技术的英文简称。HiC数据可以将scaffolds锚定到染色体上,即将基因组组装到染色体水平。
二、HiC的实验流程
HiC实验操作简单、成本较低、实验周期较短,但是由于技术本身的限制,存在着噪声大、有效数据率较低的问题。
图1清晰的展示了HiC的实验流程,大体可分为以下6步。
- 交联
加入甲醛,甲醛能在常温下与氨基或羟基发生化学反应,将DNA与蛋白或蛋白与蛋白之间的空间构象固定下来。图1左数第1张图片,蓝色的和橘黄色的两条线代表着两条DNA,这两条DNA在空间上距离很近,可以看到有一个蛋白将它们固定在了一起(蛋白质是DNA形成高级结构的重要元件),但它们在二维上可能距离较远,甚至两条链来自于两条不同的染色体。 - 限制性内切酶酶切,生物素补平
使用限制性内切酶HindⅢ(识别位点A^AGCTT)或MobⅠ(识别位点^GATC)ÿ