SNP位点ID添加

VCF文件在转化plink格式后，生成的map文件往往由于无SNP的ID号，导致不能进行后续分析(如：群体结构分析等)，本文利用awk命令在VCF文件中添加ID，命名格式为染色体_位置形式。

# 解压VCF文件
gunzip -c input.vcf.gz > input.vcf

# 使用awk为VCF文件中的每个SNP添加ID
awk 'BEGIN{OFS="\t"} /^#/ {print $0; next} {$3=$1"_"$2; print $0}' input.vcf > output_with_ids.vcf

# 压缩新的VCF文件
bgzip -c output_with_ids.vcf > VCFID.gz

# 为新的gz文件创建索引
tabix -p vcf VCFID.gz

head -n 1 data.txt > extracted_data.txt; grep 'FBA_SHZ21' data.txt >> extracted_data.txt

这条命令的作用是：

1. head -n 1 data.txt > extracted_data.txt：提取data.txt文件的第一行（表头），并将其写入extracted_data.txt文件。
2. grep 'FBA_SHZ21' data.txt >> extracted_data.txt：提取data.txt文件中包含"FBA_SHZ21"的所有行，并将结果追加到extracted_data.txt文件中。