二代测序16S扩增子测序 双端测序拼接 如何切取碱基质量切割连接 DADA2 简易概念

==(一些思考记录) DADA2切取示例

个人控制连续三个低于25%的碱基处，的第一个作为分割点

首先要了解自己的测序是可变区的哪几个区，长度多少

切割的保留长度两端加起来应该要大于可变区的长度，具体大多少没有官方说明

最好DADA2进行多次不同位置切割，然后比较table的最小feature

前面要去掉引物 引物去掉也去掉Barcode?

qiime cutadapt trim-paired \
--i-demultiplexed-sequences 01demux/demux.qza \
--o-trimmed-sequences 01demux/demux_q.qza \
--p-front-f ACTCCTACGGGAGGCAGCAG \
--p-front-r GGACTACHVGGGTWTCTAAT \
--p-cores 16