二代测序16S扩增子测序 双端测序拼接 如何切取碱基质量切割连接 DADA2 简易概念

最新推荐文章于 2022-04-13 10:09:41 发布
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==(一些思考记录) DADA2切取示例

个人控制连续三个低于25%的碱基处，的第一个作为分割点

首先要了解自己的测序是可变区的哪几个区，长度多少

切割的保留长度两端加起来应该要大于可变区的长度，具体大多少没有官方说明

最好DADA2进行多次不同位置切割，然后比较table的最小feature

在这里插入图片描述请添加图片描述

在这里插入图片描述
在这里插入图片描述

前面要去掉引物 引物去掉也去掉Barcode?请添加图片描述

qiime cutadapt trim-paired \
--i-demultiplexed-sequences 01demux/demux.qza \
--o-trimmed-sequences 01demux/demux_q.qza \
--p-front-f ACTCCTACGGGAGGCAGCAG \
--p-front-r GGACTACHVGGGTWTCTAAT \
--p-cores 16

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二代测序（Next generation sequencing）介绍
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09-18 9204
1. 定义 二代测序也被成为高通量测序指的是现代不同的测序技术，不同于之前的Sanger测序，它的速度更快，价格也更为便宜，主要有以下几个平台： －　Illumina (Solexa) sequencing －　Roche 454 sequencing －　Ion torrent: Proton / PGM...
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软件\测序结果的序列拼接软件-ContigExpress.rar
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官网指导与学习 需要长度一样的配对双端 所以需要trimmomatic 预处理 下载与安装，下载用本地虚拟机就可以 git clone https://github.com/Zymo-Research/figaro.git cd figaro # depending on your system configuration, the following commands # are either python3/pip3 or python/pip python3 setup.py bdist_wheel
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wangprince2017
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DADA2处理原始序列获取ASV特征表与物种注释表
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一、软件介绍 DADA2(Divisive Amplicon Denoising Algorithm 2)是一个用于建模和修正多种测序平台（Illumina、Roche 454）测序扩增子错误的开源软件（R）包。在扩增子分析处理流程中，DADA2算法能够准确地推断样本序列并寻找出单个核苷酸的差异(往往能够比其他方法识别出更多真实变体和输出更少的虚假序列）。DADA2是一个通过构建错误率模型来推测扩增子序列是否来自模板的算法，以自身数据的错误模型为参数，不用依赖于其他参数分布模型。DADA2最重要的优势是用了
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刘永鑫的博客——宏基因组公众号
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文章目录DADA2 R包中文使用指南写在前面开始之前准备数据获取定义原始文件路径序列文件质量检测反向序列的质量序列过滤和裁剪错误率去除重复序列基于错误模型进一步质控序列拼接生成ASV表去除嵌合体统计上述分析步骤序列物种注释相关文件保存DADA2准确性评估基于R语言DADA2的后续分析译者简介猜你喜欢写在后面 DADA2 R包中文使用指南 DADA2 Pipeline Tutorial 本文翻译自D...
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