16S OTU物种注释

最新推荐文章于 2022-02-13 15:59:17 发布

猿大人007

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分类专栏：微生物之16S 文章标签： 16S OTU物种注释

本文链接：https://blog.csdn.net/rojyang/article/details/81504902

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本文档介绍了如何利用Qiime工具对16S rRNA基因OTU进行物种注释，主要涉及下载greengene的参考序列和物种注释信息，以及使用assign_taxonomy.py脚本来完成注释过程。

摘要由CSDN通过智能技术生成

## 1 下载的greengene的参考序列和物种注释信息

##下载地址
$wget -c ftp://greengenes.microbio.me/greengenes_release/gg_13_5/gg_13_8_otus.tar.gz

##
$head 97_otu_taxonomy.txt
367523	k__Bacteria; p__Bacteroidetes; c__Flavobacteriia; o__Flavobacteriales; f__Flavobacteriaceae; g__Flavobacterium; s__
187144	k__Bacteria; p__Firmicutes; c__Clostridia; o__Clostridiales; f__; g__; s__
836974	k__Bacteria; p__Cyanobacteria; c__Chloroplast; o__Cercozoa; f__; g__; s__
310669	k__Bacteria; p__Firmicutes; c__Clostridia; o__Clostridiales; f__; g__; s__
823916	k__Bacteria; p__Proteobacteria; c__Gammaproteobacteria; o__Pseudomonadales; f__Moraxellaceae; g__Enhydrobacter; s__
878161	k__Bacteria; p__Acidobacteria; c__Acidobacteriia; o__Acidobacteriales; f__Acidobacteriaceae; g__Terriglobus; s__

##
$head 97_otus.fasta
>1111883
GCTGGCGGCGTGCCTAACACATGTAAGTCGAACGGGACTGGGGGCAACTCCAGTTCAGTGGCAGACGGGTGCGTAACACGTGAGCAACTTGTCCGACGGCGGGGGATAGCCGGCCCAACGGCCGGGTAATACCGCGTACGCTCGTTTA