Mutmap定位拟南芥的基因

mutmap 定位基因也是基于BSA的方法，之前一篇博客 BSA分析拟南芥F2代分离群体混池测序 是做的突变体也野生型杂交后代中F2选择极端个体，加亲本进行测序分析的一篇流程。上篇中的数据也可以用mutmap 分析，仅仅才用野生型亲本测序的数据，和后代突变类型混池的数据即可。方法和上边的类似，也是计算每个SNP等位基因的频率。只不过这里另一个极端混池用亲本表示了，因为极端个体的标记和基因型都是趋于亲本类型的。mutmap 可以直接使用fastq 文件，一次性做出来结果，也可以用bam文件等中间文件进行。在这里为了方便节省原始数据质控等步骤，我才用上篇实践中的bam 文件进行分析。

1， 安装mutmap直接根据作者给出的地址和方法安装，应该顺利,本系统是macOS系统，有些软件直接使用brew install 即可，mutmap 使用的是python3，请安装python3的包。

git clone https://github.com/YuSugihara/MutMap.git
cd MutMap/
pip3 install -e .
git clone https://github.com/YuSugihara/QTL-seq.git
cd QTL-seq/
pip3 install -e .
brew install bwa
brew install samtools
brew install bcftools
pip3 install matplotlib

2. 分析

mutmap -r Athaliana_447_TAIR10.fa -c Col.bam -b Cf-short.bam -n 30 -o ~/mutmap_analysis
#结果文件夹分别包含以下文件
├── 10_ref
│   ├─