itksnap修改已经存在的标签

已于 2024-07-18 16:14:16 修改
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文章标签： 医学图像处理
于 2023-04-03 16:22:38 首次发布
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吴天德少侠
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3D Slicer/ITK-SNAP常见使用
啷个哩个啷
04-25 1769
在搜索中即可，介绍详见：使用/操作步骤详见：快速气管分割。
使用ITK-SNAP软件进行医学图像的标注（label标签设置、调整等）（windows版本，如mac和linux操作则略有不同）
qianshuqinghan的博客
03-12 2万+
使用ITK-SNAP软件进行医学图像的标注工作：如肿瘤、炎症、出血、梗死等的多类 目标轮廓勾画等。
ITK-snap进行分割区域标注、三维显示及改变显示颜色
u010409517的博客
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在进行医学图像器官分割时，无论我们是用传统方法还是深度学习，最后肯定要用到手动分割的区域作为金标准来验证我们方法的精度。但是手动标注器官的轮廓是十分耗时的，这里我介绍一个比较简单的标注方法，以肺分割作为例子。 我们使用ITK-snap作为分割标注工具。 当切片间距离比较小时，比如1mm，一个患者的完整HRCT序列通常在200张以上，如果让医生一一进行分割区域标注是非常耗时乏味的。因此，我们可以使用最简单的阈值法比如OSTU，加上基本的形态学操作对肺进行粗分割得到粗略的分割掩码，在此基础上再手动的对分割结果进
ITK 合并 dicom image 图层合并,合并两个图层内容到新的图层
q610098308的专栏
11-16 776
【代码】ITK 读写 dicom 合并图层。
ITK-SNAP使用教程
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官方文档：http://www.itksnap.org/docs/fullmanual.php提供用于 3D 图像分割的工具包，SNAP 有两种不同的使用模式：1）人工分割；2）半自动分割人工分割模式：1）手动标记分割轮廓；2）修正自动分割的结果 半自动分割：使用了分割算法对 3D 解剖结构进行分割，这种分割算法需要用户的 guidance，而 SNAP 就提供了进行 guidance 的接口SNAP 可用于分割各种 3D 图像，但条件是图像必须均匀。 也就是每个像素须具有单个强度值 所以应用范围是 MRI
ITK-SNAP自动分割应用示例：如何进行乳腺腺体脂肪体积测量
weixin_43156127的博客
10-11 4221
本文示例如何利用ITK-Snap自动分割功能进行乳腺腺体和脂肪体积的测量。 步骤： 1 选择蛇形按钮，在轴位、矢状位、冠状位调整欲分割的区域，包括乳腺。 2 点击“Segemnt 3D按钮”，进入自动分割区域。 3 选择欲采用的分割算法，针对动态增强序列，笔者尝试了Thresholding、Classification、Clustering、Edge Attraction几种方案，对于动态增强序列，以Clustering最优，其它序列可以尝试其它方法。 4 点击优化按钮进行分类优化，对腺体进行分割
itksnap3.6.0 安装包
06-29
由于最近接触了医疗影像的相关领域，特此学习了医疗影像相关的知识，与传统的图像处理领域有许多的不同，医学图像数据采用DICOM格式 DICOM：（Digital Imaging and Communications in Medicine）即医学数字成像和...
itksnap-3.6.0（windows）
06-28
ITK-SNAP是一款强大的医学图像处理软件，尤其在研究和分析医学图像时，它是不可或缺的工具。"itksnap-3.6.0（windows）"标题表明这是ITK-SNAP的3.6.0版本，专为Windows操作系统设计。这个版本的发布为Windows用户...
itksnap.zip
10-06
ITK SNAP（ITK Software Guide for Segmentation and Annotation Toolkit）是基于ITK构建的一个图形用户界面应用程序，专为医学影像的三维可视化、分割和注释而设计。在医学研究和临床实践中，准确的图像分割对于...
脑MRI视图查看软件（itksnap-4.0.2-win64-AMD64.exe)
11-27
ITKSNAP是一款强大的医学图像处理和分析工具，主要用于查看、编辑和分析磁共振成像（MRI）数据。在这个特定的版本"itksnap-4.0.2-win64-AMD64.exe"中，我们看到的是适用于Windows 64位操作系统且基于AMD64架构的版本...
itksnap配准后利用ANTs保存配准后图像
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09-13 1777
使用itksnap进行图像配准后，直接save图像发现还是原图，查阅资料发现https://layerfmri.com/2019/02/11/high-quality-registration/ 可以先导出transformation文件，然后利用ANTs生成配准后的图像。 1.导出transformation文件 配准选项框右下角有个save，保存后是txt文件，也就是transformation文件。 2.安装ANTs https://blog.csdn.net/qq_44933752/article
ITK-snap医学图像标注方法（超级详细）——保姆级
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医学3D图像标注方法，非常详细，保姆级
ITKSNAP使用学习
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crosshair mode 鼠标左键可以给改变十字光标的位置，右键拖动可以变换大小，滚轮可以切换到下一张或者前一张切片。
如何实现脑肿瘤红黄绿分割展示
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11-01 865
ITK-snap实现seg添加到其他模态中 标题写得比较土，原因是我担心很多人不知道该怎么学术地去描绘这个过程。 第一步 首先，你需要有数据集，比如brats 2018、brats 2019，这两个数据集数据类型是一样的，但是HGG与LGG的数目是不一致的。 以上是一个简单的brats_2019展示样例，包含4种模态以及seg 第二步 其次，你需要一个可视化软件，或许服务器上对.nii.gz文件进行切片展示也是一个不错的主意。我个人建议使用ITK-SNAP，如图： ITK-SNAP就是最上面的那个红色快
ITK-SNAP基础教程
m0_55764111的博客
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使用INK-SNAP查看分割结果
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下面讲述Active contour半自动勾画感兴趣的另一个算法，在这之前先删除之前的勾画，点击Segmentation -> Unload Segmentation -> Discard。点击之后会出现虚线矩形框，初始的框是将整个图像框起来的，要将图像缩小才便于观察，然后调整矩形框的大小框定感兴趣区域，要调两个位的大小，第三个框会自动调整。可以选择3D以及Isotropic，3D会自动帮助勾画上下多层，Isotropic保证一次勾画的是一个孤立的点（即完整的ROI，不会出现断点的ROI）
基于ITK-SNAP实现肺部CT图像中肺叶的标注
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时间:2019/06/12-2019/06/15 内容:肺叶图像标注,完成了10个病例的标注 材料:原始的肺部CT图像,以及采用U-net分割的肺实质的mask. 工具:itk-snap, paint over选择原图像mask,active label选择新的图像标签mask.结合polygon和paintbrush mode完成标注,特别地可以采用paintbrush mode中的...
ITK-SANP 使用指南
抄而不思则废
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itk snap查看多标签分割结果
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### 回答1： ITK-SNAP是一种功能强大的开源软件，可用于查看和分析医学图像，包括多标签分割结果。多标签分割是医学图像处理中的一项重要任务，它能够将图像中的不同组织或区域通过不同的标签进行区分和分割。 使用ITK-SNAP查看多标签分割结果非常简单。首先，将多标签分割结果保存为标准的NIfTI或DICOM格式的图像文件。然后，打开ITK-SNAP软件，并导入所保存的分割结果图像文件。 一旦图像被加载到ITK-SNAP中，你可以通过使用工具栏上的不同工具和选项来查看和分析分割结果。例如，你可以使用放大/缩小功能来调整图像的显示比例，以便更好地观察分割结果。你还可以使用移动工具来在分割结果之间进行切换或比较不同的分割结果。 此外，ITK-SNAP还提供了一些强大的可视化工具，例如绘制线条或3D表面模型来显示分割结果。你可以使用这些工具来绘制轮廓线条，标记感兴趣的区域，或者生成3D模型以更好地展示分割结果。 ITK-SNAP还支持对分割结果进行编辑和修改的功能。你可以使用编辑工具来增加或删除特定的标签，调整分割结果的边界，或者进行区域合并和分割。这些编辑功能可以帮助你改进分割结果的准确性和精度。 总的来说，使用ITK-SNAP来查看多标签分割结果非常方便和直观。它提供了丰富的工具和功能，使医学图像分析变得更加容易和高效。无论是医学专业人士还是研究人员，都可以通过使用ITK-SNAP来更好地理解和研究分割结果。 ### 回答2： ITK-SNAP是一种用于医学图像处理和分析的开源软件。它可以用于查看多标签分割结果。 多标签分割是一种图像处理技术，用于将图像中的每个像素分配给不同的类别或标签。通过将不同的结构或组织分配给不同的标签，我们可以更好地理解和分析医学图像，例如CT扫描、MRI或PET图像。 当我们使用ITK-SNAP查看多标签分割结果时，我们可以打开标签图像并显示每个标签的不同类别。每个标签都用不同的颜色来表示，以便我们可以更清楚地区分不同的结构。 使用ITK-SNAP，我们可以进行以下操作来查看多标签分割结果： 1. 打开ITK-SNAP软件，导入包含多标签分割结果的图像文件。 2. 在软件界面中，选择"打开图像"选项，并选择多标签分割的图像文件进行打开。 3. 一旦图像被加载，我们可以通过选择"显示图像"选项来显示图像。 4. 在显示的图像上，我们可以使用不同的工具来查看不同的标签。例如，我们可以使用"显示标签轮廓"来仅显示标签的边界轮廓，或者我们可以使用"显示标签区域"来仅显示特定标签的区域。 5. 此外，我们还可以使用颜色映射工具来将不同的标签分配给不同的颜色。这样，我们可以更好地区分不同的结构。 6. 在ITK-SNAP中，我们还可以进行一些进一步的图像处理和分析操作，例如量化每个标签的体积或计算不同标签之间的距离。 总之，使用ITK-SNAP可以方便地查看和分析多标签分割结果，提供更准确、详细的医学图像处理和分析。 ### 回答3： ITK-SNAP是一种开源的医学图像处理软件，可以用于三维医学图像的分割和可视化。它支持多标签分割结果的查看和分析。 在ITK-SNAP中，多标签分割结果可以通过以下步骤进行查看： 1. 打开ITK-SNAP软件并加载需要分割的医学图像文件。可以使用“文件”菜单中的“打开图像”选项或拖放图像文件到软件界面。 2. 在左侧的“Segmentation”面板中，选择“Multi-label”选项。这将允许我们进行多标签分割。 3. 单击“Add New Segment”按钮以添加一个新的标签。您可以为每个标签选择不同的颜色，并为其命名。 4. 使用鼠标工具（例如刷子、剪刀等）在图像上画出不同的区域，并将其分配给不同的标签。您可以根据需要逐渐添加和修改分割区域。 5. 在“Viewer Control”面板中，选择“Pan”或“Scroll”工具来导航和放大/缩小图像视图。您可以使用“Window/Level”工具调整图像的窗口和水平。 6. 您还可以使用“Volume Render”功能查看三维分割结果。选择“Volume Render”面板，调整光线和阻尼设置，以获得更好的可视化效果。 除了查看多标签分割结果，ITK-SNAP还提供了其他功能，如分割评估、图像配准等。利用这些功能，我们可以定量地评估分割结果的准确性，并进行后续的分析和研究。 总之，ITK-SNAP是一款功能强大的医学图像处理软件，可用于多标签分割结果的可视化和分析。
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