凌恩可提供多种类型的动植物基因组科研服务相关服务项目，包括动植物基因组de novo、全基因组重测序、简化基因组、全基因组关联分析（GWAS）、BSA、遗传图谱构建等，欢迎来电咨询。
四川大学生命科学学院在《Molecular Plant》期刊上（IF=27.5）发表了关于杨属物种属级水平超泛基因组的文章，该研究通过结合包含转录组、甲基化组、染色质可及性、群体重测序、基因功能验证等多维度、多尺度证据，深入解析了基因组同源/等位变异和表观遗传调控在杨属物种形态特征多样化和差异环境适应性中的潜在作用和可能机制。
期刊：Molecular Plant
影响因子：27.5
发表时间：2024年3月
样本类型：新鲜幼嫩的杨树叶
DOI: 10.1016/j.molp.2024.03.009
一、研究背景
了解基因组进化和适应性创新之间的潜在机制和联系是进化研究的一个关键目标。杨属（Populus）物种作为重要森林树种之一，在全球范围内广泛分布，具有极强的生态适应性，蕴藏着丰富的遗传资源，长期以来被视为木本植物研究的模式物种，但其野生优质基因资源挖掘和作用机制研究尚处于初步阶段。
二、研究方法
本研究选择十九个杨属物种用于构建属级超全基因组。除了 13 个已发表的组件外，还对另外 6 个物种的基因组进行了新的测序和组装，主要采用Illumina、Oxford Nanopore 和Hi-C综合技术，进行了全基因组测序、转录组分析、甲基化组分析以及染色质可及性图谱分析。（图1）。
图1 杨属物种超泛基因组构建及进化基因组学分析
三、主要结果
1.Populus超泛基因组研究揭示基因家族演化和DNA甲基化、染色质可及性等调控机制
在属的水平上对19个种/亚种进行了泛基因组分析，共注释了40,606个基因家族和20,928个未指定基因(共包含712,487个基因)，每增加一个基因组，所保留的泛基因数量就会增加。根据基因在每个基因组中的存在情况，发现了51.11%的核心基因（core）、22.78%次核心基因（softcore）、22.50%非必需基因（dispensable）和3.61%物种特有基因（private）四种类型，并且这些基因在不同物种中的比例高度一致。此外，还通过Liftoff程序验证了物种特有基因的准确性，并使用ATAC-seq技术评估了不同基因类型之间的染色质可及性差异。最后，发现DNA甲基化和转录调控元件可能在基因进化过程中发挥重要作用（图2A-E）。
2. Populus基因组研究揭示物种适应性机制
通过整合Populus koreana种群基因组数据集，从其自然分布范围内的24个种群的230个个体收集了高深度的全基因组重测序数据，发现相比其他类型基因，特有基因在各个物种特异环境和气候适应方面起到了关键作用（图2F-I）。本研究发现核心基因主要由全基因组复制（WGD）衍生的基因组成（图2J），还在泛基因组层面分析发现，基因的表观遗传修饰改变（尤其是基因体CG甲基化的分化）对复制基因的保留和功能分化起到重要作用。
图2 不同类型泛基因在杨属物种多样化和生态环境适应中的作用
3. 杨属植物叶缘差异潜在的顺式调节SV的鉴定
分支I和分支II的种之间在叶缘锯齿上有显著的形态差异。分支I的大多数物种的边缘光滑而完整，而分支II的物种具有更多锯齿状叶片，具有稀疏或密集的弯曲锯齿（图3A）。基于16个染色体水平的基因组，将鉴定的142 202个非冗余基因结构变异（structural variation, SV）合并为一组，再根据Nanopore长读长数据，检测到有0.63%-1.42%的基因是半杂合子，结果表明SV在杨树对生物和非生物胁迫的适应中起着重要作用。同时，还发现一个转录因子CUC2的同源基因，通过实验验证了一个长度约为180个碱基的缺失变异可能影响了CUC2的表达水平，从而导致了不同进化分支间叶子边缘形态的差异（图3C-E）。
图3 SV作为潜在顺式调控元件驱动杨属物种叶缘表型分化
四、结论
本研究构建了19种杨树基因组的超级泛基因组，并对其进行了详细的分析。通过比较不同物种之间的基因重复性和转座子丰度等特征，揭示了这些基因组的演化历史和适应性进化机制。此外，该研究还使用整合的方法将各种注释信息与基因组数据相结合，为深入理解杨树和其他植物的生物学特性提供了重要的参考。
参考文献
Shi T, Zhang X, Hou Y, et al. The super-pangenome of Populus unveils genomic facets for its adaptation and diversification in widespread forest trees. Mol Plant. 2024.
扫一扫
3150
被折叠的 条评论
为什么被折叠?
到【灌水乐园】发言
