【bioinfo】酶切法片段化建库相比超声打断建库引入softclip使用FADE软件识别/去除

FADE软件参考文献

参考文献：片段化酶诱导的双链伪影的表征和缓解 - PMC (nih.gov)

图1d是 文献软件识别和去除softclip流程图：

文献提供的酶切产生的错误识别和去除软件FADE：软件git地址

文献补充材料图：由酶切产生的人工错误序列的碱基质量值偏高，相对其他softclip的质量值。

FADE软件下载

下载linux版FADE

wget https://github.com/blachlylab/fade/releases/download/v0.6.0/fade.many-linux-x86_64.tar.gz

软件使用

./fade annotate ${yourbam} > anno.bam   # 先增加bam注释
./fade stats anno.bam > stats.out  # 统计是否是artifact softclip(包含比对信息）
./fade stats-clip anno.bam > stats-clip.out  # 统计是否是artifact softclip（质量值和是否是artifact)

stats-clip.out结果文件示例：

qname	sc_q_scores	sc_seq	sc_avg_bq	avg_bq	art_status
A1:2:3:4	F,FF,:F:F,FFFFFFF	TCGGGCCGGTCGTCTTT	31.4444	31.8671	false
A1:2:3:5	F,FF,:F:F,FFFF::F:FF:F	TCGGGTTCGTGACCTCAGCGGC	31.4444	31.8671	ture

各列说明：

表头名	说明
qname	read名称
sc_q_scores	softclip序列质量值
sc_seq	softclip序列
sc_avg_bq	softclip序列质量值均值
avg_bq	序列的质量值均值
art_status	softclip是否是artifact [value: true/false]

示例统计softclip:

• 去cigarstring为none
• 去cigarstring长度为0
• 保留cigarstring含S和M

---

更多了解：

酶切片段化建库，奇怪的知识增加了

酶切文库构建试剂盒 v2 升级款来袭

FFPE 样本的融合基因检测：DNA or RNA

超声法与酶切法随机打断基因组方法的比较

其他工具：

• hairpin based artifacts: https://github.com/blachlylab/fade；
• chimeric reads : https://github.com/broadinstitute/picard；
• 保真性分析: https://nf-co.re/sarek （Sarek’s standard output for analysis of fidelity-based metrics）

---