GROMACS使用小计

最新推荐文章于 2024-08-12 20:08:10 发布

DS_HY

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分类专栏：生物信息 Linux

本文链接：https://blog.csdn.net/sinat_36215255/article/details/107793530

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这篇博客详细介绍了GROMACS分子动力学模拟软件的使用，包括MDP文件的编写，如参数设置和生成tpr输入文件，以及如何利用GPU进行计算。还涵盖了GROMACS的基本处理命令，如pdb文件的转换、RMSD分析、index文件生成、rmsf计算、dssp二级结构分析等，并提供了相关资源链接和操作步骤。

摘要由CSDN通过智能技术生成

参考网站：（1）国内网址， github网址, tutorial

MDP文件书写

GROMACS简单处理命令

MDP文件书写

1. 各个参数

title = Protein-ligand complex MD simulation 
; Run parameters #（常用）
integrator = md ; #指定积分算法；md:蛙跳牛顿积分算法，用于平衡动力学积分 
nsteps = 500000 ; #积分或能量最小化步数，*dt= 1ns总模拟时长 （常用） 
dt = 0.002 ; #积分步长，一般为 0.002ps ~0.004ps 

; Output control #（常用） 
nstxout = 0 ; #坐标保存到轨迹文件的频率  .trr
nstvout = 0 ; #速度保存到轨迹文件的频率  v, 开启会增加运行时间 
nstenergy = 5000 ; #能量保存到轨迹文件的频率，必须是nstcalcenergy的倍数 
nstlog = 5000 ; # log文件更新频率 
nstxout-compressed = 5000 ; # 
compressed-x-grps = System 
energygrps = Protein JZ4 #保存能量的组 

; Bond parameters 
continuation = yes ; #初试构象不约束，不复位，用于精确的继续计算或重计算 constraint_algorithm = lincs ; #约束算法 lincs ：不能用于角度约束 
constraints = all-bonds ; #键约束，all-bonds:所有键约束，#(键的约束，不常用） 
lincs_iter = 1 ; #迭代次数，用于LINCS约束精度，默认1 
lincs_order = 4 ; #约束偶合矩阵阶次，用于LINCS约束精度，默认4 
; Neighbor