TCGA数据集下载及gdc-client相关问题汇总

本文仅针对使用过程中出现的诸多错误提示符,由于网上关于gdc-client的教程非常多,不做搬运。

1.Win 环境下的gdc-client下载与使用:

问题:ERROR: Unable to save state: [WinError 17] 系统无法将文件移到不同的磁盘驱动器。

解决方案:win环境下目前测试仅能在系统盘,即C盘运行下载,无法手动更改路径至其他,否则会报上述错误。无奈将将对应的gdc-client.exe和gdc_manifest_20210220_064649.txt 复制到C盘下载,但是存在搬运数据的烦恼。目前尚无更新方案,如有解决方案恳请评论区告知

 

2.Linux(Ubuntu)环境下的gdc-client下载与使用:

问题:gdc-client,找不到命令

解决方案:博主因为心急,在网站上下载了“gdc-client_v1.6.0_Ubuntu_x64-py3.7_0.zip”压缩包后,通过远程传到服务器上直接使用,导致一直无法正确运行。linux需要在环境下解压,建议远程的小伙伴先下载好压缩包,再在服务器上解压即可。

解压命令:“unzip gdc-client_v1.4.0_Ubuntu_x64.zip”

使用“./gdc-client download --help” 就可以查看是否正确解压配置了。

 

该贴不间断更新使用tcga数据集遇到的各种问题,欢迎评论区讨论,谢谢。

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