GWAs——全基因组关联分析三（关联分析）

经过前面七步的质控，现在的数据集（Table 1）已经可以正式的开始关联分析的主要步骤了。

Table 1：进行关联分析的数据集。

文件名	内容信息
HapMap_3_r3_13.bed	实验所有个体及对照的基因型信息
HapMap_3_r3_13.fam	个体及对照的谱系关系、性别和表型信息
HapMap_3_r3_13.bim	SNPs的位置信息
covar_mds.txt	MDS生成的10个协变量

此步骤主要包括三个内容：关联分析、统计学检验和结果可视化。

一、关联分析

1、搭建工作环境

为了和文章结构保持一致，将工作目录做如下修改：

cd /{
   your directory}/GWAs/
#修改分析主工作目录名
mv 3_Association_GWAS/ 2_Association_GWAS/
cd 2_Association_GWAS/
#创建关联分析工作目录
mkdir assoc

#置入数据集和协变量
mv /{
   your directory}/GWAs/1_QC_GWAS/pop_str/covariates/HapMap_3_r3_13.* assoc/
mv /{
   your directory}/GWAs/1_QC_GWAS/pop_str/covariates/covar_mds.txt assoc/

2、回归分析

此次示例的数据集以二进制的分类性状为例，文章中介绍既可使用Logistic回归（“–logistic”选项），又可以使用“–assoc”选项提供的回归方式，但是在PLINK官网中介绍，此选项是针对数量性状（QTL）的回归方式（“–assoc”选项），这点不是很理解。

（1）使用“–assoc”选项进行回归

此方法不支持在过程中引入协变量：

cd assoc
#使用“--assoc”选项进行回归
/{
   your directory}/GWAs/plink-20220402/plink --bfile HapMap_3_r3_13 --assoc --out assoc_results

输出结果assoc_results.assoc各列对应的含义见Table 2：

Table 2: assoc_results.assoc中包含的列，更多信息见官网

列名	含义
CHR	染色体编号
SNP	SNPs编号
BP	碱基对位置
A1	Allele 1（一般为次等位基因）
F_A	案例中的Allele 1频率
F_U	对照中的Allele 1频率
A2	Allele 2
CHISQ	等位基因检验的卡方统计量（chi-squre statistic，Not present with ‘fisher’/‘fisher-midp’ modifier.）
P	等位基因检验的P值，对应卡方统计量
OR	o d d s c a s e A 1 / o d d s c o n t r o l