Linux
文章平均质量分 67
wangchuang2017
天下才子,中州过半
惟楚有才,于斯为盛
实事求是,知行合一
师者,所以传道,授业,解惑也
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Linux进阶 vim grep sed awk 正则表达式
01 Linux上的文本编辑器vimvim 编辑器是什么vim 编辑器的三种模式注意大小写!!!打开文件时文件可以存在或者不存在,不存在时当关闭的时候系统会创建命令模式• 用vim FILENAME进入之后的默认模式• 可以“上下左右”移动光标:方向键/hjkl• 可以剪切字符或整行、也可复制、粘贴移动光标:• 方向键或者hjkl• ^和$:快速到所在行的开头和末尾(用0也可以到开头)• 30j:向下移动30行(数字+方向进行快速移动)• ctrl原创 2022-03-14 00:07:21 · 1442 阅读 · 0 评论 -
Linux软件安装 conda
基础conda简介conda安装miniconda下载官方镜像&国内镜像下载:通常服务器在国内的选择清华或者北外,如果服务器在国外选择官网浏览器搜索:ctrl+Fwget -c, --continue resume getting a partially-downloaded file##国内镜像地址:wget -c https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64原创 2022-03-14 00:04:56 · 3993 阅读 · 1 评论 -
Linux基础
课前预热课件准备工作:安装软件心理建设:linux系统介绍实战1:登录服务器填表法命令法[email protected];密码是: pd29769ssh [email protected] #输好就按回车键,然后输入密码:pd29769可能遇到的问题网络异常:重新登录校园网不行就换下手机热点拒绝访问:设置登录端口如何退出登录重新登录正确填写范例练习1.原创 2022-03-13 23:52:05 · 1711 阅读 · 0 评论 -
Boost boost_1_63_0安装 gcc4.8 & gcc5.4
。下载boost安装包并解压缩到http://www.boost.org/下载boost的安装包tar zxvf boost_1_63_0.tar.gzcd boost_1_63_0设置参数./bootstrap.sh --with-libraries=all --with-toolset=gccNotice:all是安装所有的库。如果不是想要安装所有的库,可以在后面指定想编译部分库,库之间用逗号分隔:./bootstrap.sh --with-libraries=system,tim..原创 2021-10-06 10:56:29 · 388 阅读 · 0 评论 -
PBSIM-PacBio-Simulator
This RepositoryThis repository was created because theGoogle Code repositoryprovided by the original authors is not being maintained, and Google Code is now defunct.About PBSIMPacBio sequencers produce two types of characteristic reads as below.C..原创 2021-10-05 15:54:15 · 523 阅读 · 0 评论 -
Linux下autoreconfig命令安装.
在linux做编译安装时,发现没有autoreconfig。使用以下命令进行安装:yum install autoconfig automake libtoolautoreconf -h原创 2021-10-05 14:28:58 · 2939 阅读 · 0 评论 -
-bash: git: command not found
-bash: git: command not found执行命令:yum install -y git原创 2021-10-05 13:02:58 · 1758 阅读 · 0 评论 -
-Bash: Unzip: Command Not Found解决方法 安装unzip
利用unzip命令解压缩的时候,出现-bash: unzip: command not found的错误。unzip——命令没有找到,其原因肯定是没有安装unzip。利用一句命令就可以解决了。命令是:yum install -y unzip zip安装成功后就可以使用unzip命令了。...原创 2021-10-02 09:20:41 · 508 阅读 · 0 评论 -
Sort 用法
有时候学习脚本,你会发现sort命令后面跟了一堆类似-k1,2,或者-k1.2 -k3.4的东东,有些匪夷所思。今天,我们就来搞定它—-k选项!1 准备素材$ cat facebook.txt google 110 5000 baidu 100 5000 guge 50 3000 sohu 100 4500第一个域是公司名称,第二个域是公司人数,第三个域是员工平均工资。(除了公司名称,其他的别信,都瞎写的^_^)2 我想让这个文件按公司的字母顺序排序,也就是按第一个域进行排原创 2021-10-02 09:05:45 · 140 阅读 · 0 评论 -
生信分析过程中这些常见文件的格式以及查看方式
生信分析过程中这些常见文件的格式以及查看方式生信分析过程中,会与很多不同格式的文件打交道,除了原始测序数据fastq之外,还需要准备基因组文件fasta格式和基因注释文件gtf格式。在分析的过程中还会有众多中间文件的生成,如bed、bed12、sam、bam、wig、bigwig、bedgraph等,生成后我们一般会查看下内容了解文件每一列的含义,以此来决定需要提取哪些有用信息列来进行下一步分析。插播一个小剧场老板:“先查看一下bam文件内容。”小白:嗒嗒嗒敲键盘。$ less eh...原创 2023-08-23 08:21:35 · 366 阅读 · 0 评论 -
查看linux系统版本信息 lsb_release -a
查看linux系统版本信息查看linux系统版本信息命令:lsb_release -a原创 2021-01-30 19:00:48 · 5583 阅读 · 0 评论 -
linux命令行快速统计文件(压缩文件)的行数
linux命令行快速统计文件(压缩文件)的行数linux命令行快速统计文件(压缩文件)的行数统计(文件|压缩文件)的行数zcat file.gz | awk ‘END{print NR}’ # 最快。解压打开文件,输出文件最后一行行号zcat file.gz | sed -n ‘$=’ #迅速。直接打印出多少行zcat file.gz | grep -n “” |awk -F : ‘END{print $1}’ #迅速。解压打开文件,文件每行前标出行号并用冒号连接,以冒号为分隔符输出.原创 2021-01-30 18:59:13 · 2335 阅读 · 0 评论 -
查看服务器CPU的个数、CPU的核数、多核超线程数
查看服务器CPU的个数、CPU的核数、多核超线程数这里有几个概念:1、一台物理机的物理CPU的个数2、一个CPU上的核数3、一个核上面支持的线程数有下面的计算公式:总核数 = 物理CPU个数 X 每颗物理CPU的核数总逻辑CPU数 = 物理CPU个数 X 每颗物理CPU的核数 X 超线程数查看CPU信息(型号)cat /proc/cpuinfo | grep name | cut -f2 -d: | uniq -cIntel® Xeon® CPU E5-2630 0 @原创 2021-01-30 18:53:01 · 4369 阅读 · 1 评论 -
fasta和fastq格式文件的shell小练习 http://www.bio-info-trainee.com/3575.html
其次完成生物信息学数据格式的习题(blast/blat/fa-fq/sam-bam/vcf/bed/gtf-gff),收集这些格式的说明书。fasta和fastq格式文件的shell小练习 http://www.bio-info-trainee.com/3575.htmlsam和bam格式文件的shell小练习 http://www.bio-info-trainee.com/3578.htmlVCF格式文件的shell小练习 http://www.bio-info-trainee.com/3577.h原创 2021-01-30 18:47:41 · 737 阅读 · 0 评论 -
LINUX的20练习题
LINUX的练习题:最低要求是完成我的 linux 20题 http://www.bio-info-trainee.com/2900.html其次完成生物信息学数据格式的习题(blast/blat/fa-fq/sam-bam/vcf/bed/gtf-gff),收集这些格式的说明书。fasta和fastq格式文件的shell小练习 http://www.bio-info-trainee.com/3575.htmlsam和bam格式文件的shell小练习 http://www.bio-info-train原创 2021-01-30 18:30:32 · 286 阅读 · 0 评论 -
登陆服务器
登录服务器 ssh 命令行法如果你的端口是默认的22 端口:ssh 用户名 IP 地址如果你的端口是特殊端口 以 2333 为例MacOS ssh 用户名 IP 地址 -p2333Windows ssh用户名 IP 地址 2333...原创 2021-01-28 11:17:43 · 771 阅读 · 0 评论 -
Centos安装g++错误 :No package g++ available
在centos下安装g++,如果输入 yum install g++,那么将会提示:[root@hugohugo]#yuminstallg++ Loadedplugins:fastestmirror,refresh-packagekit,security Loadingmirrorspeedsfromcachedhostfile *base:centos.ustc.edu.cn *extras:centos.ustc.edu.cn...原创 2021-01-27 18:51:08 · 4184 阅读 · 2 评论 -
阿里云 Linux指令入门-文件与权限
https://developer.aliyun.com/adc/scenario/exp/a12055b0e9e84e5692b05ae25d377ec0连接ECS服务器1. 打开系统自带的终端工具。Windows:CMD或Powershell。 MAC:Terminal。Windows用户请检查系统中是否安装有ssh工具。检查方法:1)在终端中输入命令ssh -V。ssh -V2)出现如下结果说明已安装。3)否则请下载安装OpenSSH。2. ...原创 2021-01-27 16:41:07 · 603 阅读 · 0 评论 -
boost:从0到1开发boost(linux、clion)
boost1、安装包下载下载地址选一个就好并将安装包放到centos的适当目录下2、设置编译器和所选库解压$ tar -xvf boost_1_74_0_b1.tar.bz2运行解压后生成的bootstrap.sh文件:$ cd boost_1_74_0/$ ./bootstrap.sh --with-libraries=all --with-toolset=gcc--with-libraries指定编译哪些boost库,all的话就是全部编...原创 2021-01-26 21:15:40 · 365 阅读 · 0 评论 -
linux环境上c++ boost安装boost_1_67_0.tar
编译安装wget https://dl.bintray.com/boostorg/release/1.67.0/source/boost_1_67_0.tar.gzgzip -dv boost_1_67_0.tar.gztar -zxvf boost_1_67_0.tar./boostrap.sh --help./bootstrap.sh./b2 install默认安装在/usr/local的lib, include中示例g++ -o first first.cpp -lb...原创 2021-01-26 21:12:46 · 782 阅读 · 0 评论 -
Linux下的编译(环境是centos6.8 gcc 4.4.7)
Linux下的编译(环境是centos6.8 gcc 4.4.7)1. 运行命令:yum install gcc gcc-c++ bzip2 bzip2-devel bzip2-libs Python-devel -y 预先安装这些库,因为下面编译boost时会需要,若已安装,安装时会自动跳过,无需担心2. 定位到/home目录,运行命令:wgethttps://sourceforge.net/projects/boost/files/boost/1.55.0/boost_1_55_0.t...原创 2021-01-26 21:02:50 · 372 阅读 · 0 评论 -
Linux 安装Boost
1: 安装环境:华为鲲鹏云服务器,系统Ubuntu18.04 arm-64,1核,1G,1M2: 首先更新2.1 apt-get update2.2 apt upgrade3: 安装依赖项3.1 apt-get install libboost-all-dev4: 下载源码并编译4.1: cd 到安装目录cd /usr/local/src4.2: 下载源码wgethttps://dl.bintray.com/boostorg/release/1.66.0/...原创 2021-01-26 20:50:29 · 916 阅读 · 0 评论 -
Linux下Boost编译安装
Boost库是一个可移植、提供源代码的C++库,作为标准库的后备,是C++标准化进程的开发引擎之一。 Boost库由C++标准委员会库工作组成员发起,其中有些内容有望成为下一代C++标准库内容。在C++社区中影响甚大,是不折不扣的“准”标准库。Boost由于其对跨平台的强调,对标准C++的强调,与编写平台无关。大部分boost库功能的使用只需包括相应头文件即可,少数(如正则表达式库,文件系统库等)需要链接库。安装步骤:wget https://dl.bintray.com/boostorg/...原创 2021-01-26 20:49:07 · 1170 阅读 · 0 评论 -
Linux下编译安装Boost1.66
新闻可移植的 C++ 标准库 Boost 发布了 1.66.0 版本,Boost 库是一个经过千锤百炼、可移植、提供源代码的 C++ 库,作为标准库的后备,是 C++ 标准化进程的发动机之一,由 C++ 标准委员会库工作组成员发起。使用 VS 15.5 的开发者请注意,官方表示由于 Visual Studio 15.5 发布得太晚,所以 1.66.0 版本尚未在上面进行过测试。1.66.0 新增了以下三个库: Beast:轻量的 HTTP、WebSocket 和网络操作库,使用了 C...原创 2021-01-26 20:47:19 · 722 阅读 · 0 评论 -
linux C++安装并编译boost库
编译安装wget https://dl.bintray.com/boostorg/release/1.67.0/source/boost_1_67_0.tar.gztar -zxvf boost_1_67_0.tar.gz./boostrap.sh --help./bootstrap.sh --prefix=/usr/local./b2 install --with=allboost库被安装在/usr/local/lib下面默认安装在/usr/local的lib,.原创 2021-01-26 20:32:50 · 1511 阅读 · 0 评论 -
以Linux系统上的gcc为例,解密C语言编译背后的全过程!
在这个互联网时代,很多人都选择了计算机专业,而只要是计算机专业的小伙伴,可能都会学C语言,但是大家是否都清楚C语言编译的完整过程呢,今天我就带着大家一起来做个解密吧。C语言相对于汇编语言是一种高级语言,要想在系统上运行,需要通过编译器把它转换成机器能够读懂的可执行的代码。以Linux系统上的gcc为例,通常我们编译一个源文件都是用下面的命令:$gcc hello.c –o hello编译成功后,目录里会生成hello这个程序,直接运行它可以看到结果。$./helloHello .原创 2021-01-25 13:19:25 · 186 阅读 · 0 评论 -
Linux命令示例
Mac电脑登录前需要先设置对于 Mac pro 来说,经常出现一种情况是 :登录没问题,但是超过 5 分钟不操作就会出现问题,没法输入,不得不重启 终端。解决方法是:【1】在mac,打开终端,不要登录服务器【2】然后在本地运行下面命令cat >~/.ssh/configHost * ServerAliveInterval 120 TCPKeepAlive no^C登录服务器打开邮箱找到曾老师给大家发的邮件,里面有用户名、密码和ip地址,登录方式为:...原创 2021-01-22 16:09:28 · 121 阅读 · 0 评论 -
数据标准化
image.pngimage.pngimage.pngRPKM/FPKM推荐使用TPM箱式图image.pngairway数据集简介image.png# 魔幻操作,一键清空rm(list = ls()) options(stringsAsFactors = F) #设置全局变量# 加载airway【数据包】数据集并转换为表达矩阵library(airway,quietly = T) #禁止显示动态信息da...原创 2021-01-17 15:27:08 · 617 阅读 · 1 评论 -
linux 的三驾马车grep ,sed,awk
grepls readme*ls example*只要出现gene字眼都查找出less example.gtf| grep 'gene'精确查找,一个单词一个单词的搜索less example.gtf| grep -w 'gene'less example.gtf| grep -w -v -c 'gene'wc -l example.gtfless example.gtf| grep -w -e 'gene' -e 'U...原创 2021-01-17 15:21:54 · 355 阅读 · 0 评论 -
linux 软件安装
conda的安装## 下载,其实不需要,服务器已经下载好了,直接cp或者软链接即可# wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh## 软链接即可cd ~ln -s /teach/software/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh ./## 安装,安装过程只需要输入 yes 或者按 Enterbash原创 2021-01-17 14:59:12 · 998 阅读 · 0 评论 -
linux 环境变量
echo $PATHecho $PATH | tr ':' '\n' 打印目录列表 将冒号替换为换行符;很多都是以bin结尾的 image.png原创 2021-01-17 14:56:46 · 147 阅读 · 0 评论 -
linux 脚本编程
image.pngimage.png• 查看CPU信息:lscpu• 查看内存信息:free -h• 查看硬盘信息:df -hls -lh 显示当前文件夹的大小 du -h -d 1du -sh 打印变量需要echo 美元符号$可以对变量进行传递解释 (要区分跟R的区别) 状态变量 位置参数image.png结构化语句if循环image...原创 2021-01-17 14:16:50 · 186 阅读 · 0 评论 -
生信人的linux考试
一、在任意文件夹下面创建形如 1/2/3/4/5/6/7/8/9 格式的文件夹系列。mkdir testcd testmkdir -p 1/2/3/4/5/6/7/8/9二、在创建好的文件夹下面,比如我的是 /Users/jimmy/tmp/1/2/3/4/5/6/7/8/9 ,里面创建文本文件 me.txttouch ./1/2/3/4/5/6/7/8/9/me.txttree.└── 1 └── 2 └── 3 └─..原创 2021-01-15 15:23:57 · 573 阅读 · 0 评论 -
Linux系统
以下是对这些目录的解释:/bin:bin 是 Binaries (二进制文件) 的缩写, 这个目录存放着最经常使用的命令。/boot:这里存放的是启动 Linux 时使用的一些核心文件,包括一些连接文件以及镜像文件。/dev :dev 是 Device(设备) 的缩写, 该目录下存放的是 Linux 的外部设备,在 Linux 中访问设备的方式和访问文件的方式是相同的。/etc:etc 是 Etcetera(等等) 的缩写,这个目录用来存放所有的系统管理所需要的配置文件和子目录。.原创 2021-01-15 10:26:51 · 93 阅读 · 0 评论 -
生信基础巩固Linux篇
基础篇 Linux优势 系统更加稳定,处理数据更方便 大多数服务器以Linux为内核 常用路径命令 pwd 查找当前路径 ls 查找当前路径下的文件 ls dirname 查看某指定文件夹下的文件 ls -l 查看文件/文件夹的具体信息 cd dirname 切换到某指定文件夹下 cd .. 返回上一级目录 cd ~ 返回登陆节点 echo 打印字符串到终端 文件及文件夹 touch file 创建空文件 cat ...原创 2021-01-14 16:05:54 · 157 阅读 · 0 评论 -
腾讯云 已连接到实验云主机 linux 运维基本操作
已连接到实验云主机登录:[email protected]密码:drjzyW0#^^#%系统:CentOS 7.2 64 位原创 2021-01-20 14:20:21 · 229 阅读 · 0 评论 -
netstat 命令(Linux)
netstat 命令netstat 命令用于显示各种网络相关信息,如网络连接, 路由表, 接口状态等等列出所有处于监听状态的tcp端口netstat -lt查看所有的端口信息, 包括 PID 和进程名称netstat -tulpn原创 2021-01-12 20:48:08 · 126 阅读 · 0 评论 -
Linux课2021
Linux课2021 我把Linux学习分成6个阶段,每个阶段都需要至少一天以上的学习: 第1阶段:把linux系统玩得跟Windows或者MacOS那样的桌面操作系统一样顺畅,主要目的就是去可视化,熟悉黑白命令行界面,可以仅仅以键盘交互模式完成常规文件夹及文件管理工作。 第2阶段:做到文本文件的表格化处理,类似于以键盘交互模式完成Excel表格的排序、计数、筛选、去冗余,查找,切割,替换,合并,补齐,熟练掌握awk,sed,grep这文本处理的三驾马车。 第3阶段:元字符,原创 2021-01-12 20:32:04 · 134 阅读 · 0 评论 -
echo$PATH
原创 2021-01-10 20:09:50 · 2097 阅读 · 0 评论 -
nohup
nohup wget -c --limit-rate=1Mhttps://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh &tail -f nohup.out原创 2021-01-07 21:11:39 · 255 阅读 · 0 评论