2019年08月_wangchuang2017

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转载第三代测序技术在微生物研究中的应用

第三代测序技术在微生物研究中的应用曹晨霞,韩琬,张和平摘要： 1977年Sanger 发明的双末端终止法开启了测序之旅，而测序技术在30多年内不断革新。每种新技术的出现都有超过前代产品的独特之处，但也会不可避免的存在自身局限性，关键在于掌握每种技术的优缺点并加以合理应用。第三代测序技术是一种集高通量、快速度、长读长及低成本等多种优点于一身的新型测序技术，它的出现为基因组学、...

2019-08-31 22:39:21 3519

原创 BST AVL 红黑树 B B+树

二叉搜索树(BST)简明BST递归定义(Knuth Donald)：对于任意一个节点均满足：1. 所有位于左子树的节点值均比该节点值小2. 所有位于右子树的节点值均大于等于该节点值3. 所有左子树和右子树也必须是BSTAVL简明AVL定义(Knuth Donald)：对于任意一个节点均满足：1. 左子树和右子树的高度差小于等于1红黑树简明RBTREE定义(...

2019-08-31 17:38:20 168

原创 8 升满壶和两个分别是 5 升、3 升的空壶如何得到 4 升水?

原题：给你一个装满水的 8 升满壶和两个分别是 5 升、3 升的空壶，请想个优雅的办法，使得其中一个水壶恰好装 4 升水，每一步的操作只能是倒空或倒满。理解了这个题目的意思之后，我们的第一个方法肯定就是使用强大的脑力来进行暴力破解法，瓶子里的水在我们的脑子里颠三倒四，但是脑子有可能没那么清晰，想了几步之后就开始出现记忆错乱，然后就不得不开始慢慢重播。甚至到最后好不容易搞定了，但是怎么走过...

2019-08-31 16:24:36 5316 3

原创使用SSH连接华为云

安装Ubuntu-desktop1.更新软件库apt-get update2.升级软件apt-get upgrade3.安装桌面apt-get install ubuntu-desktop

2019-08-30 12:00:32 1698

转载基于癌症基因组学数据的miRNA 功能模块识别算法研究

题目：基于癌症基因组学数据的miRNA 功能模块识别算法研究摘要：大量研究表明miRNA 的异常表达与癌症的发生、发展有关，且miRNA 通常以组合的方式发挥其协同调控作用。因此，研究miRNA 组合模式有助于解读癌症的发病机理。目前已经积累的大量基因组学数据为计算生物学研究癌症提供了夯实的数据基础。同时，机器学习方法为发现数据背后的潜在生物意义提供了高效便捷的途径。本次报告就机器学习...

2019-08-27 18:32:43 428

转载 Two Straws May Make a Perfect Diamond: Selecting Individually Weak Features for a Better Accuracy

Two Straws May Make a Perfect Diamond: Selecting Individually Weak Features for a BetterAccuracy摘要：生物医学领域产生了海量各种类型的大数据，并且产生大数据的新技术仍然在不断革新，预计未来会有更大量的生物医学大数据产生。如何有效从这样海量的生物医学大数据中高效挖掘出知识，已经成为生物医学和计算机科...

2019-08-27 18:30:17 188

转载生物医学大数据处理研究探讨

生物医学大数据处理研究探讨摘要：随着生物分析和计算技术的快速发展以及医疗信息化水平的不断提高, 生物医学领域产生了大量的数据，促进了生物医学大数据的形成，也使得生物医学的研究由原来的假设驱动向数据驱动的方式进行转变。生物医学大数据蕴含了极其丰富的信息和知识，是关乎国家持续发展、人类生存与健康的重要战略资源。然而，生物医学数据具有明显的高维、海量以及多源异类异构的特点，传统的分析方法已经...

2019-08-27 18:17:26 2647 1

转载基因组大数据与全民健康

基因组大数据与全民健康摘要：基于高通量测序的基因组技术近几年在国内外均得到了飞速的发展，并成为精准医学和智慧健康的核心内容。随着基因测序的价格越来越低，越来越多的基因数据积累起来，如果能够及时获取、结构化整合、快速分析这些数据，并且有效整合临床医疗与卫生健康数据，才能开展精准的疾病分类及诊断，实现个性化的疾病防治和健康管理的全新模式。其技术核心是根据个体的基因和表型特征，早期快速诊断、...

2019-08-27 18:17:00 1940

转载高通量DNA测序数据的生物信息学方法

来源：大数据期刊时间：2016-05-13 14:41:09作者：詹晓娟姚登举朱怀球詹晓娟1，姚登举2，朱怀球31. 黑龙江工程学院计算机科学与技术学院，黑龙江哈尔滨 150050；2. 哈尔滨理工大学软件学院，黑龙江哈尔滨 150040； 3. 北京大学生物医学工程系，北京 100871摘要：高通量测序技术产生的DNA序列数据长度较短，而且数据量非常巨大。分析了高通量...

2019-08-27 09:57:08 6941

转载 const reference const

const（一）const修饰的各种类型的变量后（包括普通变量，指针，类，结构体和结构体的指针），其初始化的值不可更改#include <iostream>using namespace std;//声明一个结构体Studentstruct Student{ int num;};int main(int argc, char *argv[]){ con...

2019-08-24 16:35:44 426

原创 class struct

类struct、class定义类先看一下如何定义struct、class的类可以注意到我们这里只调用了struct类型的类，而没有调用class类型的类，原因是struct默认的成员是public的，class默认的成员是private的。private限制的成员不能被外部访问（但是类内部没有问题），而public可以所以我们这样写，来public class类。#incl...

2019-08-22 22:23:26 746

原创一个表格多种语言进行实现

SQLCREATE TABLE table_name( id varchar(300), name varchar(300), age varchar(300), gender varchar(255));INSERT INTO table_name ( id , name , age , gender )VALUES (...

2019-08-22 22:11:35 363

原创三代测序关键计算技术开发及应用

三代测序关键计算技术开发及应用Abstract三代测序技术具有读长长（约20kbp），无PCR扩增偏好性和碱基修饰敏感性等特点，在动植物的基因组de novo组装和表观遗传检测研究中具有明显的优势。作为二代测序技术的有力补充或替代，已成为近年来研究的热点，其研究成果常发表于CNS等国际顶级期刊。目前三代测序数据高测序错误率（12-15%）是三代数据分析面临的巨大挑战，高错误率引起的巨大...

2019-08-22 17:20:33 474

原创基于三代测序技术的高产糖化酶黑曲霉工业菌株基因组组装与注释及功能基因比较研究

第一代测序技术主要是由Sanger等人发明的测序技术,他的发明第一次为人们开启了解读生命遗传密码的大门,Sanger本人也因此获得了诺贝尔奖。这种DNA末端终止法测序技术的原理:主要通过在DNA聚合酶、模板以及放射性同位素标记物的引物、dNTP以及ddNTP的作用后发生延伸反应,基于 ddNTP的存在,接着形成长度不一的DNA延伸片段;然后利用平板凝胶电泳,用4条电泳道,分离4个反应产物,...

2019-08-22 16:23:09 341

原创引用(Reference)

先复习一下C语言中，指针的用法a所在的地址即pa指针变量储存的值，和a改变后的值30#include <iostream>using namespace std;int main(int argc, char *argv[]){ int a; //申请了一个名字为a的变量,开辟了一个地址,并且地址存入a int *pa=&a; ...

2019-08-22 11:40:45 788

原创内联函数(inline function)

直接将函数的调用转换为函数定义的代码，而不进行函数在内存上的开辟和回收在函数代码比较少和调用次数多的情况下使用, 可以优化程序运行#include <iostream>using namespace std;inline int multiply(int a,int b){ return a*b;}int main(int argc, char *argv...

2019-08-22 11:39:42 4169

原创函数重载（overload）

函数重载（overload）先看一个例子#include<iostream>using namespace std;//计算两个参数a,b的乘积的函数int multiply(int a,int b){return a*b;}//计算三个参数a,b,c的乘积的函数int multiply(int a,int b,int c){return a*b*c;}i...

2019-08-21 22:44:33 388

原创 Python控制流---while循环

while循环步骤:i=1 #定义一个计数变量,记录循环次数while i<=5 #设置循环条件do #设置条件满足时的doi=i+1 #处理计数变量（如果此处不进行设置，可能导致循环持续执行，程序无法终止） braek & cont...

2019-08-21 21:12:30 204

转载 Hybrid Read Sequencing: Applications and Tools

Next-generation sequencing (Illumina) and long read sequencing (PacBio/Oxford Nanopore) platforms each have their own strengths and weaknesses. Recent advances in single molecule real-time (SMRT) and ...

2019-08-21 15:31:47 465

原创 A fuzzy Bruijn graph approach to long noisy reads assembly

从第三代测序(TGS)中组装长噪声读取的一个挑战是降低其对计算资源的需求提出了一种新的利用TGS数据高效组装大基因组的模糊布鲁金图模糊Bruijn图和De Bruijn图的关键区别在于,前者的重叠长度可以是千基和千基,用于长时间的噪声读取实验中,在675.4 CPU中组装人类基因组时间和结果的N50重叠的22.2百万...

2019-08-20 18:11:54 252

原创 Comprehensive evaluation of non-hybrid genome assembly tools for third-generation PacBio long-read d

Comprehensive evaluation of non-hybrid genome assembly tools for third-generation PacBio long-read sequence dataAbstractLong reads obtained from third-generation sequencing platforms can help over...

2019-08-20 18:09:11 311

原创 Genome Assembly Improvement by Illumina and PacBio Sequencing

The single-molecule real-time(SMRT) sequencing platform presented by Pacific Biosciences(PacBio) is regarded as the third-gene rati on sequencing technology . PacBio offers long reads from s...

2019-08-20 17:28:04 165

原创结合Illumina和PacBio SMRT测序技术对复杂植物基因组组装方法的探究

结合Illumina和PacBio SMRT测序技术对复杂植物基因组组装方法的探究文献类型：学位论文作者王筱学位类别硕士答辩日期 2015-04 授予单位中国科学院研究生院授予地点北京导师王文关键词复杂基因组基因组组装Illumina Hiseq测序PacBio测序实时单分子铁皮石斛...

2019-08-20 16:46:14 1855

转载 SMRT测序技术及其在微生物研究中的应用

SMRT测序技术及其在微生物研究中的应用唐勇1,2,刘旭3摘要：高通量测序技术的发展为研究者深入探索微生物世界提供可能。随着以Pacific BioSciences（PacBio）公司的单分子实时测序（Single molecule real time sequencing，SMRT）为代表的第三代测序（Third generation sequencing，TGS）技术逐渐发...

2019-08-20 16:45:45 3677

原创 C++学习(一 )

Hello World#include <iostream>using namespace std;int main(){ cout<<"Hello World"<<endl; return 0;}和C语言类似，我们打印了Hello World，我们使用cout函数相当于printf。endl意思是end line，表示一行...

2019-08-19 23:13:30 137

转载二代测序的比对算法

现在主流的比对软件不下十种，但按照核心算法区分，其实可以拆分成为两大阵营：1.基于哈希表（hash-table）数据结构的比对算法2.Burrows Wheeler transform（BWT）索引数据结构的比对算法首先，我们来了解一下第一类比对算法hash-table的核心思想就是采用种子序列定位及延伸算法（seed-and-extend algorithm）根据索引构建对象...

2019-08-19 17:24:26 3962 1

转载测序技术的一些原理理解（sanger测序与illumina测序）

sanger测序sanger是第一代测序，它是使用的链终止法。下面我来说说我的理解。当你拿到你需要测定的测序后（一般sanger测序为几百bp），首先，加热变性使双螺旋解螺旋，然后将引物结合到一条链上，如图：将结合了引物的序列等量放入4个反应体系中，然后将dna聚合酶和dNTPs加入各个反应体系中；下一步，也是最关键的一步，在四个不同的反应体系中分别加入A,T,C,G四种带...

2019-08-19 17:16:14 21914

转载一些生物信息学常用的分析法的介绍

我个人认为生物信息学是生命科学和计算机科学还有统计学所构成的一门交叉学科。私以为目前网络上的文献有些晦涩难懂。为了更好地帮助新手入门，现将目前网络上的各种文献资料总结为本文，供各位同行参阅。目前生物信息学常用的分析法有如下几种：基因差异表达的显著性分析(又称差异表达分析) DEG 功能富集分析(Go分析和Kegg分析) 加权基因共表达网络分析(WeightedGeneCo-exp...

2019-08-19 17:11:59 16543 2

原创第三代测序为什么这么贵?

PacBio三代测序最大的死穴是：通量不足。如果通量不是限制因素，那么PacBio是目前最准确的测序方式：错误率可以无限接近罕见突变的发生率（即无法分辨是测序错误还是罕见突变）。因为三代的错误是完全随机发生的，可以靠覆盖度来纠错，而如果系统错误，这是不可纠正的。一图展现区别：以下这幅图的数据来源：http://www.ncb...

2019-08-16 20:40:58 5589 2

原创 [中心]测序技术

[中心]测序技术作者：芯片测序组于海礼快速和准确地获取生物体的遗传信息对于生命科学研究一直具有十分重要的意义，而获取遗传信息的主要手段之一是测序技术，因而测序技术在生命科学研究中扮演了重要的角色。　　在此报告中主要介绍2个部分的内容：一、测序技术的发展，包括第一、二、三代测序技术（Sanger测序、高通量测序、单分子测序）；二、个人化基因组测序仪PGM，主要...

2019-08-16 19:50:58 867

原创 Python中使用数据库SQLite和MySQL

一.数据库SQLite1 建立数据库与建立表直接来看例子：import sqlite3conn = sqlite3.connect("test.db");c = conn.cursor();c.execute("CREATE TABLE IF NOT EXISTS students (sid INTEGER PRIMARY KEY, name TEXT)");conn.co...

2019-08-14 21:56:59 615 2

原创 PyCharm Python3操作数据库MySQL增删改查

核心内容（1）使用到的模块：PyMySQL安装：pip3 install pymysql（2）连接数据库# 连接数据库,地址：localhost,账号：root,密码：root,数据库：school,# 编码：UTF-8db = pymysql.connect('localhost', 'root', 'root', 'school', charset='utf8')...

2019-08-14 21:05:59 680

原创课题背景一二三代测序技术

生物信息学的研究重点主要体现在基因组学和蛋白质学两方面，也即从核酸和蛋白质序列出发，分析序列中表达结构和功能的生物信息。生物信息学的基本任务就是对各种生物序列进行分析，研究出新的计算机算法，从大量的序列信息中获取基因结构、功能和进化等知识。近年来,随着生物基因组测序技术的不断发展,测得的DNA序列数据也飞速增长,这促进了生物信息学领域相关研究方向的深入开展。在生物基因组测序技术中,第一代测序...

2019-08-13 22:17:34 1561

原创 Python操作SQLite3

连接创建数据库# connect_sqlite3.pyimport sqlite3DB_Name = 'test.db'# 连接数据库，如果不存在则会在当前目录创建conn = sqlite3.connect(DB_Name)print('连接数据库%s成功' % (DB_Name))程序执行结果：连接数据库test.db成功创建数据库表# create_ta...

2019-08-13 22:00:02 2319

转载 Python中使用数据库SQLite

参考原文　　廖雪峰Python教程使用SQLite　　SQLite是一种嵌入式数据库，它的数据库就是一个文件。由于SQLite本身是用C写的，而且体积很小，所以经常被集成到各种应用程序中，甚至在IOS和Android的APP中都可以集成。　　Python中内置了SQLite3，连接到数据库后，需要打开游标Cursor，通过Cursor执行SQL语句，然后获得执行结果，Python定...

2019-08-13 16:42:12 308

转载 K-邻近算法(KNN)

1. KNN 算法原理k-近邻算法（k-Nearest Neighbour algorithm）的工作原理：给定一个已知标签类别的训练数据集，输入没有标签的新数据后，在训练数据集中找到与新数据最邻近的 k 个实例，如果这 k 个实例的多数属于某个类别，那么新数据就属于这个类别。即由那些离新数据最近的 k 个实例来投票决定新数据归为哪一类。最邻近分类算法是数据挖掘分类（classificat...

2019-08-12 21:01:37 13178

原创 Go语言学习之旅01--变量与数据

Go语言（Golang）作为一门崇尚简洁的编程语言，主张使用20%的设计，解决80%的问题，他的全新设计思路，在如今21世纪非常值得我们去学习参考它没有隐式数据类型转换，没有构造函数或者析构函数，没有运算符重载也没有继承、泛型、异常…但它却拥有垃圾搜集、一等函数、词法作用域以及channel等等一.数据类型整体类型描述布尔型布尔型的值只可以是常量 true 或者 ...

2019-08-12 11:40:57 191

原创 go语言之旅(三)

指针Go与C语言一样，拥有指针。指针保存了值的内存地址。类型*T是指向T类型值的指针。其零值为nil。定义如下：var p *int与 C 不同，Go 没有指针运算。结构体与C语言类似，除了定义方式不同之外，其他都与C相同，如访问方式等。数组类型 [n]T 表示拥有 n 个 T 类型的值的数组。如：var a [10]int切片数组支持切片，这点类似Python语言。...

2019-08-11 18:49:53 139

原创 go语言之旅(二)

for循环Go语言只有一种循环结构，即for循环。语法如下：sum := 0for i := 0; i < 10; i++ {sum += i}注意：for语句后面没有小括号。for语句前后两部分都是可以省略的，如：sum := 1for sum < 1000 {sum += sum...

2019-08-11 18:48:46 86

原创 go语言之旅 (一)

包packages每个 Go 程序都是由包构成的。函数参数Go语言函数参数的类型放在变量之后，如x int, y int。如果多个参数类型相同，则前面的类型可以省略，如x, y int。函数返回值Go语言函数可以有多个返回值。如：func swap(x, y string) (string, string) {return y, x}此外，还可以对返回值进行命名。以及...

2019-08-11 18:44:50 343