使用IGV软件可视化染色质可及性

前记

        染色质可及性（chromatin accessibility）是指DNA序列在植物细胞核中的可访问程度。染色质是由DNA和蛋白质组成的复杂结构，它紧密地包裹在细胞核中，并影响基因的表达和功能。染色质可及性研究着重于理解染色质是否容易被转录因子和其他调控蛋白访问，从而影响基因的表达。

        文献中，常常会有下面这种图片来表示基因组上的一些区域或基因的染色质开放性强弱。一般情况下，我们可以使用IGV软件或GSA-man软件进行可视化，两者的操作相似。这里，以IGV软件为例，演示如何对染色质可及性进行可视化。

一、IGV基因组浏览器的下载

官网下载即可，本文中下载的是Windows版。

Download IGV - IGV Desktop Applicationhttps://igv.org/doc/desktop/#DownloadPage/%23_top打开后如下所示：

IGV软件界面

二、可视化染色质可及性文件

1、基因组GFF3文件的导入

以玉米为例，从官网下载号V4版本的基因组注释文件。

Index of /pub/plants/release-46/gff3/zea_mays (ebi.ac.uk)https://ftp.ensemblgenomes.ebi.ac.uk/pub/plants/release-46/gff3/zea_mays/点击链接下载解压即可，然后打开IGV导入GFF3文件。如下所示：

导入后的结果：

可以在下面的选项中查询特定的基因或物理位置。

2、染色质可及性结果文件的导入

这里使用的是ZeaMap网站的MNase-seq数据，链接如下：

resource epigenetics | ZEAMAPhttp://www.zeamap.com/resource/epigenetics将MNase-seq的bw后缀文件下载后，即可导入。

附注：

        MNase-seq是一种在研究染色质结构和可及性方面常用的技术，它是通过使用核酸酶切割染色质来分析染色质的可及性。

        MNase (Micrococcal Nuclease)是一种能够特异性切割DNA链的酶，它能够在某些特定的DNA链上切割成短片段。MNase-seq技术利用这一特性，通过在染色质中加入MNase酶，使其切割敏感的染色质区域，并将切割后的DNA片段进行测序。

        MNase-seq的流程包括以下几个步骤：首先，将染色质与MNase酶一起处理，MNase酶会选择性地切割具有可及性的染色质区域，而对于不可及的区域则几乎不发生切割。然后，将切割后的DNA片段进行测序，从而得到染色质中不同可及性区域的DNA序列信息。最后，通过对测序数据的分析，可以识别出染色质可及性的改变，即开放和关闭的区域。

        MNase-seq技术的应用广泛，特别是在研究基因的调控和表达调节方面。它可以帮助我们了解染色质结构、基因启动子和增强子的位置，以及染色质可及性的变化如何影响基因的表达和调控。此外，MNase-seq还可用于研究染色质重塑、组蛋白修饰与DNA甲基化等方面的问题。

和GFF3文件的导入方式一样，导入后的结果如下所示。

点击菜单栏如下选项，适应窗口显示。

结果如下：

3、一段区域或基因的染色质开放性可视化

在下面选项中输入物理位置信息或基因V4版本ID号，均可对目的区域的染色质开放性可视化。

（1）物理位置信息：例如，输入Chr5:111,980,903-111,991,542，然后点击Go，得到以下结果。

基因ID：例如，输入，Zm00001d012238，然后点击Go，得到以下结果。

OK，以上就完成基因组一段区域或某一基因染色质可及性的可视化啦。接下来就是图片的输出与美化了。

三、可视化结果的输出与美化

输出的选项如下，鼠标右键，可选择输出为PNG和SVG两种格式。

这里，选择输出为PNG格式，如下所示。

美化可在AI中进行，这里不再赘述。（可参考已发表的文献进行美化）

本文参考链接

全基因组水平研究染色质可及性的方法 - 知乎 (zhihu.com)https://zhuanlan.zhihu.com/p/91368677

m6A、ATAC等表观文章中的peak可视化图形如何实现？ - 知乎 (zhihu.com)https://zhuanlan.zhihu.com/p/409590343

 后记

2024.2.7----CXGG，completed。

小半年儿没在CSDN上分享学习心得了，希望以后自己能坚持创作，定期分享。

加油！！！奥力给！！！