RDKit | 分子处理入门

最新推荐文章于 2024-07-04 19:18:16 发布

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分类专栏： RDKit | 化学信息学与AI 文章标签： RDKit 化学信息学 Python

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本文介绍了如何使用RDKit库进行化学分子的处理，包括从SMILES字符串转换为分子对象，展示2D结构，显示原子坐标，计算TPSA值，并将分子属性保存为pickle格式，是化学信息学初学者的实用指南。

摘要由CSDN通过智能技术生成

导入库

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import AllChem
from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole 
from rdkit.Chem.Draw.MolDrawing import MolDrawing, DrawingOptions

修改分子默认显示

DrawingOptions.bondLineWidth=1.8

smiles转换为分子对象

mol = Chem.MolFromSmiles('CC(C)Cc1ccc(cc1)C(C)C(=O)O')

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RDKit的基本数据结构：分子对象

qq_39889473的博客

08-11

RDKit 是一个强大的化学信息学库，其中的核心数据结构是分子对象。分子对象在 RDKit 中用于表示化学分子结构，是所有分子操作和分析的基础。下面我们将详细介绍分子对象的创建、操作和应用。

RDKit|化学反应操作与处理

最会设计的科研狗

05-22

2601

文章目录化学反应1.SMARTS创建反应2.rxn文件创建反应3.产物后处理化学反应 Rdkit中提供了基于SMARTS的化学反应操作，可以通过SMARTS或rxn反应文件构建反应模式，再对指定的反应物进行匹配，将匹配上的结构按反应模式进行合成。 1.SMARTS创建反应从SMARTS创建一个反应模式：Chem.ReactionFromSmarts() 下面这个反应表示一个羧基，与至少带有一个氢的氮原子反应，形成酰胺定义反应物：reactants 进行一个反应：RunReactants(reacta

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ImportError: DLL load failed while importing rdmolfiles: 找不到指定的程序，rdkit安装问题解决办法

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m0_61691772的博客

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使用pip install rdkit==2022.3.3显示成功，但是实际导入的时候报错from rdkit.Chem.rdmolfiles import *ImportError: DLL load failed while importing rdmolfiles: 找不到指定的程序。

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发呆的比目鱼的博客

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Wingsang的博客

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RDkit一：利用RDkit筛选化学小分子结构特征

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最近在做关于小分子筛选的项目，涉及到一些处理方式，后面会逐篇总结遇到的一些问题及解决方法。首先简单介绍一下RDkit，RDkit是一款用来处理化学小分子的python开源包，最早是由诺华公司开发的，底层是由C++编写的。在github上有它的源码和说明书，地址如下： https://github.com/rdkit/rdkithttps://github.com/rdkit/rdkitRDkit在Anaconda或miniconda环境中的安装： c...

rdkit入门

Code Wang的博客

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Python中的RDkit包，是将化学与机器学习联系起来的、非常实用的库。可以在很多种化学文件如mol2，mol，Smiles，sdf等之间互相转化，并能将其展示成2D、3D等形式供开发人员使用。 1.生成描述：2D分子 from rdkit.Chem import AllChem import rdkit.Chem from rdkit.Chem import Draw templa...

基于LSTM的分子生成入门

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基于LSTM的分子生成入门。

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4. 化学反应模拟：RDKit能处理化学反应，包括生成反应规则、计算反应物到产物的转化路径等，这对于理解化学反应机理和预测新化合物具有重要意义。二、RDKit与其他工具的集成 1. Jupyter Notebook：作为标签提到的...

rdkit 绘制分子【可视化分子】

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rdkit 内置了Draw模块，用于绘图，把一些经常用到的方法直接放在Draw下面。文章目录一、引入所需库二、分子对象转化为图片2.1 分子对象转图片文件函数解析2.2 分子对象转图片函数解析2.3 分子对象转图片2.4 多个分子按照grid显示2.5 多个分子基于公共骨架按照grid显示一、引入所需库 #! /usr/bin/python # coding: utf-8 # rdkit 绘制分子【可视化分子】 from rdkit import Chem from rdkit.Chem imp.

学习RDKit

weixin_42038527的博客

04-15

2993

最近要做一个药物分子属性预测的课题，在跑别人现成的模型时，出现了花两天时间都解决不了的Bug。这让我开始反思，无脑套用网上的模型真的好吗？之前对“一知半解”嗤之以鼻，觉得自己怎么样都不会成为那个对知识对学问敷衍的人。可是为了赶进度，自己慢慢的也变成了一个知其然而不知其所以然的人了。无意中读到蔡元培先生的北大就职演说里上说的话：平时则放荡冶游，考试则熟读讲义，不问学问之有无，惟争分数之多寡；试验既终，书籍束之高阁，毫不过问，敷衍三四年，潦草塞责，文凭到手，即可借此活动于社会，岂非与求学初衷大相背驰乎？

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C++使用rdkit简单示例：获取原子个数

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环境 Win10 RDKit2021.09.2 Python=3.7 基于RDKit探索化学空间-smiles悬停导入库 import sys import os import pandas as pd import numpy as np import altair as alt from rdkit import Chem from rdkit import rdBase from rdkit.Chem import AllChem from rdkit.Chem import

rdkit Chem 和AllChem的区别

qq_36801966的博客

07-03

1252

Chem ：负责基础常用的化学功能（如：读写分子，子结构搜索，分子美化等） AllChem: 负责高级但不常用的化学功能。区分它们的目的是为了加速载入速度。也可以简化使用 #! /usr/bin/python # coding: utf-8 from rdkit.Chem import AllChem as Chem ...

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