SMILES & InChI | 化学结构的线性表示法

最新推荐文章于 2024-08-10 17:44:07 发布
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分类专栏： Chemoinformatics Bioinformatics RDKit | 化学信息学与AI 文章标签： SMILES SMARTS InChI 化学信息学 RDKit
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本文介绍了SMILES、SMARTS和InChI三种化学结构的线性表示法。SMILES，全称Simplified Molecular Input Line Entry System，由David Weininger创建，是最常用的线性表示法。Canonical SMILES是唯一的，通过类似Morgan算法的CANGEN算法生成。SMARTS在SMILES基础上增加了通配符，适用于结构搜索。InChI是可自由使用的标准化表示法，由Steve Heller和Steve Stein提出，旨在提供化合物的统一标识。
摘要由CSDN通过智能技术生成

                        SMILES表示法、SMARTS表示法和InChI表示法都是用少量字符表示结构信息的重要方法。

化合物的图表示

        可以将一个分子视为一个以原子为节点，结合为边的图。图形可以表示一个原子如何连接到另一个原子。如果已知原子之间的键数，则可以在以后添加氢原子，因此在计算机上表示分子时通常会省略氢原子。

       例如，丙烷可以表示为：

        图结构中，不考虑原子的位置，仅原子之间的连接很重要，因此即使像“ CCC ”这样忽略它，也可能会想到结构

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SMILES | 简化分子线性输入规范
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简化分子线性输入规范（SMILES，Simplified molecular-input line-entry system）是一种用ASCII字符串明确描述分子结构的规范，由David Weininger和Arthur Weininger于20世纪80年代晚期开发，并由其他人，尤其是日光化学信息系统有限公司修改和扩展。 SMILES字符串可以被大多数分子编辑软件...
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对smiles化学反应处理 def separate_reactant_reagent(smiles): """ Reactants and reagent separation (atom mappings) :param smi: :return: """ smiles = smiles.split(' |f')[0] # remove useless information reactant = smiles.split('>')[0]
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标准化反应 from indigo import * indigo = Indigo() rxn = indigo.loadReaction("CC(=O)c1ccccc1.C(=N/c1ccccc1)\c1ccccc1>>O=C(CC(Nc1ccccc1)c1ccccc1)c1ccccc1") rxn.canonicalSmiles().split(" ")[0] ‘CC(=O)c1ccccc1.C(=N/c1ccccc1)\c1ccccc1>>O=C(CC(Nc1ccccc
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inchi-gem 用于 v1.06的Ruby包装器 安装 $ gem install inchi-gem 测试 $ rake test
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官能团，是决定有机化合物的化学性质的原子或原子团。常见官能团包括羟基、羧基、醚键、醛基、羰基等。有机化学反应主要发生在官能团上，官能团对有机物的性质起决定作用，—X（X为卤原子，对于卤代烃来说，可以认为卤原子是其官能团，但有部分教材认为碳卤键为其官能团）、-OH、-CHO、-COOH、-NO2、-SO3H、-NH2、RCO-，这些官能团就决定了有机物中的卤代烃、醇或酚、醛、羧酸、硝基化合物或亚硝酸酯、磺酸类有机物、胺类、酰胺类的化学性质。 # Substituents CC(C)(COP([O-])(=O
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指纹是一种非常有用的低分辨率的分子表征，其形式多种多样。在过去几十年中，指纹已被应用于解决各种问题。扩展连通性指纹（Extended Connectivity Fingerprints，ECFP）是当下最广受使用用于构建化合物定量构效关系（QSAR）模型的分子指纹。 ECFP 于 2000 年随着 Pipeline Pilot 的发布而首次引入。在 RDKit 中，ECFP 指纹又叫 Morgan 指纹，其原因为ECFP的核心思想来自于 Morgan 算法，该算法试图为分子中的每个原子分配一个唯一的、连续的
药物化合物信息查询系统（精选常用的5个）
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记录用过的RDKit对化学分子不同表示方式的批量转化
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1、将化学分子的inchi表示批量转化为分子图表示。 可以使用rdkit.Chem.inchi module的rdkit.Chem.inchi.MolFromInchi函数。常见的关于inchi表示的一些操作函数都可以在rdkit.Chem.inchi module里，但没有从Inchi直接转化为smile的函数。 #从inchi转为分子图 from rdkit import Chem with open('inchi数据.txt') as f: inchis = f.readlines()
怎么把SMILES表示成结构式
07-11
要将SMILES表示转换为结构式（即分子的图形表示），可以使用RDKit库中的功能来绘制分子。以下是一个示例代码： ```python from rdkit import Chem from rdkit.Chem import Draw # 定义SMILES表示 smiles = 'CCO' # 将SMILES转换为RDKit的分子对象 mol = Chem.MolFromSmiles(smiles) # 绘制分子的结构式 img = Draw.MolToImage(mol) # 显示图像 img.show() ``` 在上述代码中，我们首先定义了一个SMILES表示，即`smiles`。 然后，使用`Chem.MolFromSmiles()`函数将SMILES转换为RDKit的分子对象。 接下来，使用`Draw.MolToImage()`函数将分子对象转换为图像对象。 最后，使用`show()`方法显示生成的图像。 请确保已正确安装RDKit库，并在代码中导入了所需的模块。
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