RDKit | 基于RDKit探索化学空间-smiles悬停

本文介绍了如何在Win10环境下利用RDKit 2021.09.2和Python 3.7进行化学空间的探索,特别是通过转换ROMol对象为SMILES字符串,计算分子指纹,并执行PCA聚类来理解化学结构的多样性。
摘要由CSDN通过智能技术生成

环境

  • Win10
  • RDKit2021.09.2
  • Python=3.7

基于RDKit探索化学空间-smiles悬停

导入库

import sys
import os
import pandas as pd
import numpy as np
import altair as alt

from rdkit import Chem
from rdkit import rdBase
from rdkit.Chem import AllChem
from rdkit.Chem import DataStructs
from rdkit.Chem import PandasTools
from rdkit.Chem import RDConfig
from rdkit.Chem import Draw
from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole

from sklearn.decomposition import PCA
print(rdBase.rdkitVersion)<
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