RMSD:通过旋转计算两个分子间的最小rmsd

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使用旋转计算两个分子的均方根偏差(RMSD)

使用Kabsch算法(1976)或Quaternion算法(1991)进行旋转,在两个笛卡尔坐标之间.xyz或者.pdb格式中计算均方根偏差(RMSD),从而得到最小的RMSD。


一、安装Anaconda

Win或者Linux系统下Anaconda安装,不赘述,网上很多教程。

二、通过conda安装rmsd

pip install rmsd
或
python -m pip install rmsd

三、计算RMSD

利用calculate_rmsd --help查看使用方法



实例:

calculate_rmsd ethane.xyz ethane_translate.xyz

calculate_rmsd ci2_1.pdb ci2_2.pdb



**********************************************************************************

参考:

https://github.com/charnley/rmsd

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