RMSD:通过旋转计算两个分子间的最小rmsd

使用旋转计算两个分子的均方根偏差（RMSD）

使用Kabsch算法（1976）或Quaternion算法（1991）进行旋转，在两个笛卡尔坐标之间.xyz或者.pdb格式中计算均方根偏差（RMSD），从而得到最小的RMSD。

一、安装Anaconda

Win或者Linux系统下Anaconda安装，不赘述，网上很多教程。

二、通过conda安装rmsd

pip install rmsd
或
python -m pip install rmsd

三、计算RMSD

利用calculate_rmsd --help查看使用方法

实例：

calculate_rmsd ethane.xyz ethane_translate.xyz

calculate_rmsd ci2_1.pdb ci2_2.pdb

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参考：

https://github.com/charnley/rmsd