2022.04.11【读书笔记】|单细胞转录组概述

摘要

本篇笔记为基迪奥单细胞转录组第一节课程笔记，感觉他们家的课程比之前的同行水平要高一些，并且价格公道，整体课程性价比较高，鼓励大家学习，这里记录一下课程重点。

研究意义

转录组学意义

作为DNA到蛋白质的枢纽（中心法则），其高通量分析的实现性和可解读性较强。

技术比较

普通转录组：数据混沌，样本信息被人为平均化，导致信息缺失
单细胞转录组：标记单细胞，数据以细胞为单位，分辨率提高，可研究时间序列分析；细胞异质性；精微组织及稀有细胞研究。

研究方法

细胞筛选

特异性筛选与非特异性筛选
特异性筛选：显微吸取、显微切割、流式分选
非特异性筛选：微液滴、微流控

文库构建

10X Genomics

测序

实验方法

实验流程

实体组织：去除附着组织，用HBSS清洗组织；将组织剪成2-4mm3的碎块
组织酶解：低速摇床恒温酶解组织；300g离心30秒去除组织碎片；40um滤网过滤剩余组织碎片和细胞团
细胞悬液：DPBS清洗细胞悬液3次；细胞活性和细胞浓度技术后用于单细胞建库。

常见问题

分析内容（重点）

分析内容总览

细胞亚群分类

细胞群体划分：将潜在的同一类型的细胞划分为一个细胞亚群

细胞类型频率统计

Marker基因分析

已知标记基因鉴定细胞类型，图形展示包括而不限于：tSNE/UMAP图，热图，小提琴图，气泡图等

富集分析

分析目的：通过富集分析揭示细胞亚群可能具有的细胞功能
常用方法：超几何检验，GSEA，GSVA
图形展示：柱形图，全图，气泡图，热图

样本差异分析

分析目的：对同一细胞类型进行不同样本之间的差异分析，
以揭示实验处理效应带来的基因变化特征
检验方法：Wilcoxon，MAST，似然比
图形展示：tSNE/UMAP图，热图，小提琴图，气泡图

逆时分析

分析目的：通过单细胞数据推测细胞之间存在的分化关系
常用软件：monocle2，PAGA，Palantir
图形展示：轨迹图，趋势散点图，热图

WGCNA

分析目的：寻找共表达基因，探索与研究目的相关的基因
群体
常用软件：WGCNA
图形展示：热图、网络图

细胞通讯分析

分析目的：通过配受体基因在细胞的表达情况，推测存在
细胞间相互作用的细胞群体以及发生作用的配受体信号
常用软件：cellphoneDB，cellchat，NicheNet
图形展示：气泡图，网络图，热图

转录因子分析

分析目的：从TF和靶基因的表达量推测细胞中可能存在的
基因调控网络
常用软件：SCENIC
图形展示：热图，网络图

总结

第一次课，讲师简单介绍了一下单细胞转录组的整个实验流程，不过对于我而言，只有生信分析这部分内容是比较重要的。之后还会有具体的实操课程，我也会整理笔记发出来，欢迎加微信bbplayer2021进交流群一起学习。