在线作图丨2分钟绘制微生物组的曼哈顿图(Taxonomy Manhattan Plot)

Q1:什么是曼哈顿图(Manhattan Plot)
曼哈顿图是一种散点图,通常用于显示具有大量非零的波动数据点,以及更高幅度值的分布,常常用在全基因组关联研究 (GWAS) 中。它的图像因与曼哈顿的天际线相似性而得名——摩天大楼的轮廓耸立在较低层的“建筑物”和海平面之上。
在这里插入图片描述
Q2:曼哈顿图在微生物组中如何应用?
曼哈顿图的本质是散点图,散点在y轴的高度突出,其属性异于其他低点。在微生物组成谱的分析中,曼哈顿图在展示差异OTUs/ASVs的上下调情况、差异OTUs/ASVs归属情况中有较好的效果。
一般来说,在微生物组成谱的曼哈顿图包括:
(1) X轴:按OTUs或ASVs不同分类学水平的字母顺序排列;
(2) Y轴:-log10(Pvalue);由于Pvalue的范围是从0-1,并且我们希望它越小越好,但直接展示时位于最下方,不符合直觉认知;因此,对Pvalue进行-log10转换,此时高显著性(Pvalue趋近零)的值被高位显示,独立于其他值。(3) 水平线:一般表示显著性水平阈值,方便直观了解每个点的显著性水平;(4) 散点色彩:一般用于展示分类学水平,不同颜色的点代表不同的微生物种类;
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