免费在线绘制CircRNA吸附miRNA圈图

什么是环状RNA？

环状RNA（circular RNA，circRNA）是一类没有5’帽子和3'poly (A)尾巴的环状闭合非编码RNA分子。

如上图所示，基因组上的外显子1，2，3，4，5，6可以转录形成线性RNA分子，例如右侧中间的线性RNA分子由1，2，3，4，5，6号外显子形成，右侧下边的线性RNA分子由1，2，4，5，6号外显子形成（不同的转录本）。这些线性RNA带有5’帽子和3’polyA尾巴。

而大部分由外显子组成的环状RNA（exonic circRNA）是通过外显子的反向剪切（back splicing）形成的。例如左侧的4个circRNAs：2号外显子自身环化形成（上）；3号和2号外显子环化形成（左）；5号和4号外显子环化形成（右）；4号、2号和3号外显子环化形成。这些环状RNA没有polyA尾巴，不受核酸外切酶影响，不易降解，表达更稳定。

注：还有内含子等来源的环状，但是绝大部分还是外显子来源的。

CeRNA机制

CircRNA的作用机制之一就是吸附miRNA，影响miRNA的表达，进而影响基因的表达，即所谓的ceRNA（竞争性内源RNA）假说。

图2. ceRNA机制

如图所示，circRNA以圆形表示其中包含磁铁图标，暗示它可以吸附周围的miRNAs分子（miRNA分子以梳子形式表示）；而miRNA又可以靶向mRNA，从而抑制mRNA的表达。这样就形成了3分子间的相互作用轴（circRNA-miRNA-mRNA）。当circRNA表达升高时，它吸附的miRNA就多，导致靶向mRNA的miRNA减少，mRNA被抑制的程度降低，从而mRNA的表达量也升高。这种低-高-低，或者高-低-高的现象就是ceRNA假说。

环状RNA吸附miRNA的预测

现在一般以常规的miRNA靶基因预测软件，例如targetscan，miRanda等来预测circRNA与miRNA的结合。我们微生信也推出了在线版的miRanda预测模块，可以预测miRNA与circRNA的结合。预测结果一般是miRNA在circRNA上的结合坐标。我们可以形象化地用圆形结合图来展示环状RNA与所吸附的miRNA的定性（哪些miRNA结合）和定位（结合位置）关系。

环状RNA吸附miRNA结合图

例如这篇：CircNT5E Acts as a Sponge of miR-422a to Promote Glioblastoma Tumorigenesis文章的fig6A。

 

图中以棕色圆形表示circNT5E，以红色小矩形表示miRNA结合。今天我们使用微生信平台来在线模仿下这个图。当然，这个图中用的miRNA是用小矩形表示的，不够圆滑。

1,打开circRNA-miRNA吸附圆形图绘图页面

微生信-在线绘制circRNA - miRNA结合圆形图http://www.bioinformatics.com.cn/plot_basic_circRNA_miRNA_ring_plot_083

 2,查看示例数据

 输入数据包括两个：

第一个是circRNA名字及坐标。这里默认起始坐标是1，终止坐标为你的circRNA的长度。

第二个是miRNA的名字及坐标。第一列是名字，第二列是结合的起始坐标，第三列是结合的终止坐标。

注意1：部分预测软件，例如miranda预测结果中只有一个坐标，因此，我们要加上miRNA自身的长度，构成第三列。三列齐全才能绘图，因为后台程序没有判断miRNA长度的功能。

注意2：miRNA的结合位置要从小到大排列下才能作图。

注意3：本模块仅处理一个miRNA轨道的情况，对于miRNA吸附位点坐标有重复的本模块也不能处理。例如，若两个miRNA的结合位置是：20-40和25-45，由于中间25-40都是重复的，所有需要两个轨道才能绘图。

3,拷贝并粘贴数据

4,修改参数，并提交

该模块可以修改颜色，字体大小等。基本可以满足90%的需求了。如果你有另外10%的需求，请直接联系我们进行定制！

5,提交出图

 没有预览就是没有出图，这时请参考前面的注意事项，检查输入数据格式！

若存在文字截断，需要修改字体等，可以使用inkscape软件进行操作。

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