seqkit根据基因id_真的,做基因功能研究,我已经离不开这款神器了......

Metascape是一个在线基因注释网站,提供单基因和多基因列表的分析,包括PPI分析、GO网络可视化和富集热图。通过简单的三步操作,用户可以理解基因列表的生物学意义,进行富集分析和蛋白网络分析,为科研提供便利。
摘要由CSDN通过智能技术生成

做基础科研,文章主变量的创新性永远都是第一原则,所以靶分子的锁定至关重要。而这就需要我们进行大量的基因背景调研和初步筛选,从而找到研究课题的切实着入点。

虽然高通量测序能让我们轻松获得海量数据,但如何解释这些数据却并非易事。面对大多数陌生基因,对其进行基因注释显得尤为重要。

Metascape作为一个傻瓜式的基于网页的基因注释网站,不仅基于BioGrid的蛋白相互作用分析(PPI分析),也支持基因本体论(GO)网络的交互式可视化和富集热图生成,可帮助研究者理解一个或多个基因列表

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Metascape的操作极其简单,主要有三步:录入基因列表,点击分析选项,查看结果报告。

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该网站针对不同的要求提供两种分析模式:

1)单基因列表分析,可将不同的基因列表进行合并分析,从而免去使用者自行合并不同list的烦恼;

2)多基因列表分析,可将不同基因列表进行独立分析,比较不同列表之间共享或者特异存在的生物过程与通路,并进行注释。

接下来我们就来学习如何使用该工具。

单基因列表分析

首先,在浏览器中输入以下网址:http://metascape.org/gp/index.html#/main/step1,进入 Metascape 官网。

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我们可以点击select file上传一份单基因列表文件;或者选择在输入框中黏贴由逗号/冒号/空格/tab/换行符等分隔标识符组成的基因列表。

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输入基因列表后,即可以开始第二步Step 2,选择物种信息。选择提交的基因列表的物种来源信息,以及想以哪个物种作为基准进行分析。

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根据上传的基因列表,将输入和输出的都选择H.sapiens智人。确定物种信息后,进入第三步Step 3,分析。

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这里有两

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