做基础科研,文章主变量的创新性永远都是第一原则,所以靶分子的锁定至关重要。而这就需要我们进行大量的基因背景调研和初步筛选,从而找到研究课题的切实着入点。
虽然高通量测序能让我们轻松获得海量数据,但如何解释这些数据却并非易事。面对大多数陌生基因,对其进行基因注释显得尤为重要。
而Metascape作为一个傻瓜式的基于网页的基因注释网站,不仅基于BioGrid的蛋白相互作用分析(PPI分析),也支持基因本体论(GO)网络的交互式可视化和富集热图生成,可帮助研究者理解一个或多个基因列表
![e2425341ac557fc0c42cefeff344914b.png](https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/fa48d59816e6024170de0d4a819615e2.jpeg)
Metascape的操作极其简单,主要有三步:录入基因列表,点击分析选项,查看结果报告。
![9ced85919dd9363531c2d9ee21401325.png](https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/3fcacebdf8101deb0ebe3d45a4fb438f.jpeg)
该网站针对不同的要求提供两种分析模式:
1)单基因列表分析,可将不同的基因列表进行合并分析,从而免去使用者自行合并不同list的烦恼;
2)多基因列表分析,可将不同基因列表进行独立分析,比较不同列表之间共享或者特异存在的生物过程与通路,并进行注释。
接下来我们就来学习如何使用该工具。
单基因列表分析
首先,在浏览器中输入以下网址:http://metascape.org/gp/index.html#/main/step1,进入 Metascape 官网。
![76a2ddcc7d04f57571b1146d4c419cee.png](https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/892bd8560e3d1920c573751e0037fce1.jpeg)
我们可以点击select file上传一份单基因列表文件;或者选择在输入框中黏贴由逗号/冒号/空格/tab/换行符等分隔标识符组成的基因列表。
![74421954bb3f78e6ccbdc753cacfb88c.png](https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/99bcb2849708ccdc7241fa8c4df83131.png)
输入基因列表后,即可以开始第二步Step 2,选择物种信息。选择提交的基因列表的物种来源信息,以及想以哪个物种作为基准进行分析。
![527a5cbbbe3c6632920a5740e86d81f2.png](https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/73e6be5a30a6b4618960a75807b67310.png)
根据上传的基因列表,将输入和输出的都选择H.sapiens智人。确定物种信息后,进入第三步Step 3,分析。
![4d40d3af73e454d79267fc9304b0395b.png](https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/900109b012dc5f0aa3db22fa21419d6d.png)
这里有两