nextpolish安装_NECAT: Nanopore数据的高效组装工具

对MECAT2感兴趣的话，或者在MECAT2使用时遇到了什么问题，可以加'MECAT和NECAT问题解决群', 群号是:316859622

NECAT是肖传乐老师团队开发的一个针对Nanopore数据组装的软件，目前该工具尚未发表，除了https://github.com/xiaochuanle/NECAT有软件的介绍外，暂时没有中文资料介绍NECAT的使用。

太长不看的结论: Nanopore的组装推荐用下NECAT。组装之后是先用MEDAKA做一遍三代polish，然后用NextPolish默认参数做二代polish。

这篇将会以一篇发表在Nature Communication上的拟南芥nanopore数据介绍如何使用NECAT进行组装，运行在CentOS Linux release 7.3.1611 (Core)，64G为内存， 20线程(Intel(R) Xeon(R) CPU E5-2640 v4 @ 2.40GHz)，下面是正文。

软件安装

NECAT可以在https://github.com/xiaochuanle/NECAT/releases/页面获取最新的软件下载地址，这里下载的是0.01版本。

wget https://github.com/xiaochuanle/NECAT/releases/download/v0.01/necat_20190307_linux_amd64.tar.gz

tar xzvf necat_20190307_linux_amd64.tar.gz

export PATH=$PATH:$(pwd)/NECAT/Linux-amd64/bin目前0.01版本不支持gz文件作为输入，但后续版本应该会支持。

实战

第一步: 新建一个分析项目mkdir NECAT&&cd NECAT

以发表在NC上的拟南芥数据为例, 下载该数据

# 三代测序

wget ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/ERR217/003/ERR2173373/ERR2173373.fastq.gz

seqkit seqkit fq2fa ERR2173373.fastq.gz|gzip-c>ERR2173373.fasta

第二步: 创建配置文件necat.pl config ath_config.txt

配置文件中，主要修改如下几个参数

PROJECT=athaliana#项目名

ONT_READ_LIST=read_list.txt#read所在路径文件

GENOME_SIZE=120000000#基因组大小

THREADS=20# 线程数

MIN_READ_LENGTH=3000# 最短的read长度

CNS_OUTPUT_COVERAGE=45# 用于组装的深度

参数中还有一个，NUM_ITER=2，它并非是简单的重复2次纠错，它的每一轮的校正目的其实不同，第一轮的优先级是敏感度(senstitive)， 第二轮之后主要追求速度(fast)。

除了上面的配置参数外࿰