bam/sam 数据格式的介绍 （二）

最新推荐文章于 2023-12-27 17:19:16 发布
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分类专栏： 数据格式 文章标签： sam bam 生物信息
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版权
本文深入探讨bam/sam数据格式的第二部分，重点关注FLAG字段，它描述了比对信息，如参考基因组染色体名称，未比对的情况用星号(*)表示。
摘要由CSDN通过智能技术生成
5.详解

举例：

E00606:11:H2CC3CCXY:8:1101:7172:14195 77 * 0 0 * * 0 0 CTACGAGTCATTTAGCACCGGGTTCTCCACAAACTTGCGGTGCGTCTCCAGAGAGGGGCGGCACTCGTTCGGCCGCACCCCGGTCCAGTCACGAACGGCTCTCCACACCGGCCGGCCCCGGGGGGTCGACCGGCTATCCCAGGCCAATCA AAFFFFFJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJFJJJJJJJJJJJJJJJJJFJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJ<JFJJJJ<FJJJJJJJJJJJJJJJJJ)FJ<JJJJJJFJJJJJJJJJJFJJ< XM:i:0
E00606:11:H2CC3CCXY:8:1101:7172:14195 2:N:0:ATCACG 141 * 0 0 * * 0 0 AGACATTTGGTGCGTGTGCTTGGCTGAGGAGCCACTGGTGCGAAGCTACCATCTGTGGGATTATGACTGAA
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niuhuihui_fei
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专栏目录
sam_comp:压缩SAM / BAM文件格式-开源
04-28
在生物信息学领域，SAM（Sequence Alignment/Map）和BAM（Binary Alignment/Map）文件格式是用于存储大规模DNA序列比对结果的标准格式。这些文件通常包含大量的基因组比对信息，如读取序列、质量分数、比对位置等，...
BAM文件数据结构详解
最新发布
m0_71218711的博客
01-05 1541
BAM文件（Binary Alignment/Map格式）是用于存储大规模测序数据的二进制文件格式，特别是用于存储序列与参考基因组的比对结果。它是SAM（Sequence Alignment/Map）文件的压缩版本，设计用于更有效的存储和快速的数据访问。
bam格式文件详解
qq_36608036的博客
03-03 1万+
sam/bam格式文件详解 1，SAM文件格式介绍 SAM（The Sequence Alignment / Map format）格式，即序列比对文件的格式，详细介绍文档：http://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1.pdf SAM文件由两部分组成，头部区和主体区，都以tab分列。 头部区：以’@'开始，体现了比对的一些总体信息。比如比对的SAM格式版本，比...
bam文件格式说明
weixin_30321709的博客
05-24 1546
bam文件说明 bam文件和sam文件内容其实是一样的，只是bam是二进制的压缩文件，需要通过特定的软件来进行查看，bam文件通常可以理解为12个字段组成 BAM格式分为header section（头部分，注释信息，以@开头，可有可无）和alignment section（比对结果）两个部分。 alignment section由11个字段组成 1 序列的名字，也就是reads...
bed bam wig、bigWig和bedgraph文件详解
生信小博士的博客
12-27 3588
文件格式数据类型存储方式应用场景BED基因组区域文本基因组注释、ChIP-seq、ATAC-seq等WIG连续测量值文本基因表达、DNA甲基化、染色质可及性等BIGWIG连续测量值压缩基因表达、DNA甲基化、染色质可及性等BEDGRAPH连续测量值文本基因表达、DNA甲基化、染色质可及性等SAM比对结果文本高通量测序数据比对BAM比对结果文本高通量测序数据比对bw连续测量值压缩基因表达、DNA甲基化、染色质可及性等BED文件。
各类生信文件解读（fasta,fastq,bam,sam,bed,bg,wig,bdg,gff3,gtf等）
weixin_44616693的博客
06-22 2797
生信相关文件格式解读
sambamba, 使用 sam/bam数据的工具.zip
10-10
sambamba, 使用 sam/bam数据的工具 SambambaSambamba是一种高性能的现代健壮和快速工具( 和图书馆)，用编程语言编写，用于处理SAM和BAM文件。 当前功能是samtools功能的一个重要子集，包括视图。索引。排序。markdup...
SAM BAM文件说明
03-30
在生物信息学领域，特别是针对高通量测序数据的处理过程中，SAM (Sequence Alignment/Map) 和 BAM (Binary SAM) 文件格式是不可或缺的一部分。这两种文件格式主要用于存储序列读取（reads）与参考基因组的比对结果。...
learning_bam_file:学习Sequence AlignmentMap格式
07-23
SAM（序列比对/映射）格式（BAM 只是 SAM 的二进制形式）目前是存储大核苷酸序列比对的事实上的标准。 如果您正在处理高通量测序数据，在某些时候您可能需要处理 SAM/BAM 文件，因此请熟悉它们！ 有关 SAMtools 的...
bam/sam文件格式小解（记录向）
qq_38662757的博客
10-11 2931
这是一张自己截的sam文件图，bam文件是sam的二进制格式。 仅供参考。 sam文件一般比较大，读取sam文件在linux可以直接samtools view .sam，在windows下可以用LogView，也可以其他的读取程序 第一行可以看到是15号染色体，长度信息，不用管。 第二行显示比对工具和比对命令，也不用管。 从第三行开始正文，每一行代表一个read的匹配信息。可以看到前两行名字（第一......
bam 格式 | 测序比对文件探究（STAR 比对 + pysam 包操作）
生物信息学专栏(BioMooc)
10-08 1610
bam 保存的序列不一定和fastq中一致。正链则序列一致，负链是fq的反向互补序列。bam 的第二列Flag的意义怎么查？
samtools flags 的含义
weixin_34392843的博客
04-27 777
对于双端比对的数据，生成的BAM文件中，R1端序列和R2端序列的标识符是一样的，之前一直不知道如何根据bam文件区分哪条序列是R1端，哪条序列是R2端，昨天仔细研究了一下，原来代表R1端和R2端的信息都存储在flag中，即bam文件的第二列； 在bam文件格式中定义了各种flag代表的意思 /*! @abstract the read is paired in sequencing, no...
bam/sam 数据格式的介绍 （一）
niuhuihui_fei的博客
06-12 1万+
sam是带有比对信息的序列文件（即告诉你这个reads在染色体上的位置等），用于储存序列数据（SAM format is a generic format for storing large nucleotide sequence alignments. ）。 BAM is the compressed binary version of the Sequence Alignment/Map (SAM) format. 生物信息中的二进制文件主要是为了节约空间，计算机机可读。可以用samtools工具
bam/sam格式说明
weixin_34236497的博客
04-08 533
在SAM输出的结果中每一行都包括十二项通过Tab分隔（\t），从左到右分别是： 1 QNAME,序列的名字（Read的名字） 2 FLAG, 概括出一个合适的标记，各个数字分别代表 1     序列是一对序列中的一个 2     比对结果是一个pair-end比对的末端 4     没有找到位点 8     这个序列是pair中的一个但是没有找到位点 16   在这个比对上的位点，序...
sam/bam格式说明
xcaryyz的博客
02-05 2万+
在生物信息学中尤其是高通量测序数据分析中，大部分的操作都是在实现短片段序列与参考序列的比对（mapping），比如bowtie等，这就涉及到如何使用一个统一的格式来表示这种mapping结果呢，sam（Sequence Alignment/Map）格式就是来解决这个问题的。sam文件拥有头部描述和详细比对两部分，其中头部描述是以@开头，后面紧跟两个缩写字母表示相应的含义。         
生信：2：sam格式文件解读
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genome_denovo的博客
12-04 5万+
第二章：生物信息分析第一节：解读sam格式文件1，SAM文件格式介绍SAM（The Sequence Alignment / Map format）格式，即序列比对文件的格式，详细介绍文档：http://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1.pdfSAM文件由两部分组成，头部区和主体区，都以tab分列。 头部区：以’@’开始，体现了比对的一些总体信息。比如比对的SA
SAM格式详解
小猪打呼噜
06-16 2万+
SAM是一种序列比对格式标准， 由sanger制定，是以TAB为分割符的文本格式。主要应用于测序序列mapping到基因组上的结果表示，当然也可以表示任意的多重比对结果。
bam文件格式解析
qq_42962326的博客
09-23 1382
http://blog.csdn.net/qq_21478261/article/details/106005482
SAM和BAM格式详解
weixin_44649331的博客
12-14 2138
SAM 1.什么是SAM格式？ SAM格式用于存储基于参考序列的比对序列，SAM(Sequence Alignment Map)是序列比对映射的首字母缩写。 说明SAM是带有比对信息的序列文件（告诉你reads在染色体中的位置）。 2.SAM包含什么内容？ （1）标头注释部分（header section） header每一行以@开头。 @RG开头是Read group信息这是在...
SAM/BAM文件格式标签详解
在生物信息学领域，BAM（Binary Alignment/Map）文件是一种用于存储高通量测序数据比对结果的高效二进制格式，它是SAM（Sequence Alignment/Map）文件的压缩版本。SAM文件格式规范定义了如何组织和表示这些比对记录...
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