Linux多线程贝叶斯建树教程,构建系统发育树：贝叶斯法建树

写在前面：我对建树也是一知半解，这里只是想记录一下自己跟别人学习的建树方法，可能不具有普适性。但毕竟写在公众平台，大家自主参考。

用phylosuite进行.nex文件的准备，用在线建树网站CIPRES(http://www.phylo.org/)进行贝叶斯方法建树。

1文件的准备

在这里我用自己的已经进行过多重比对(跑过mafft)的序列文件(.fasta)开始进行建树。

用phylosuite准备用于贝叶斯法建树的.nex文件。

这里简单的说一下，贝叶斯法建树要选择特定的模型来建树，首先一般会用Modeltest等软件选出最合适的模型和各项参数。然后把要用的模型、参数信息和序列汇总在一起，生成一个.nex文件，提交到在线建树网站CIPRES。

phylosuite是一个流程化的建树软件，从序列的下载到建树，整套流程都能在上面实现，具体的下载、安装和使用，可以去官网看介绍：http://phylosuite.jushengwu.com/

打开phylosuite，点击上方工具栏File-Import files or IDs，出现如下的对话框，Choose Files，选择要导入的fasta文件。

导入后，点击工具栏Phylogeny-ModelFinder，出现如下的对话框：