linux运行raxml,用RAxML构建极大似然进化树

-s sequenceFileName  要处理的 phy 文件

-n outputFileName  输出的文件

-m substitutionModel  模型设定 方括号中的为可选项：

[-a weightFileName]  设定每个位点的权重，必须在同一文件夹中给出相应位点的权重

[-b bootstrapRandomNumberSeed]    设定 bootstrap 起始随机数

[-c numberOfCategories] 设定位点变化率的等级

[-d] -d 完全随机的搜索进化树，而不是从 maximum parsimony tree 开始。在 100 至 200 个分类单元间，该选可能会生成拓扑结构完全不同的局部最大似然树。

[-e likelihoodEpsilon]默认值为 0.1

[-E excludeFileName]  排除的位点文件名

[-f a|b|c|d|e|g|h|i|j|m|n|o|p|s|t|w|x] 算法

-f a rapid Bootstrap

-f b draw the bipartitions using a bunch of topologies

-f c checks if RAxML can read the alignment.

-f d rapid hill-climbing algorithm

-f e optimize the model parameters

-f g compute the per–site log Likelihoods for one ore more trees passed via -z.

-f h compute a log likelihood test (SH-test [21]) between a best tree passed via -t and a