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建立在高通量测序基础上的微生物群落研究,当前主要有三大类:基于16S/18S/ITS等扩增子做物种分类的Metataxanomics、鸟枪法打断全基因组DNA序列的Metagenomics和基于mRNA信息的宏转录组方法Meta-transcriptomics。
16S,也即是我们通常所说的微生物多样性,是一种相对快速和经济适用的方法,但是PCR导致了偏好的产生,这就降低了注释准确度。此外,由于原核、真核生物的“分类标签”完全不同,即使细菌和古菌的16S也相去甚远,以进化快著称的病毒更难以捕获。宏基因组有效避免了扩增偏差,由于是直接打断,理论上不限制物种(细菌、真菌、古菌、真核生物等,事实上当前宏基因组测序多还是以细菌为主),可能组装获得新基因乃至新物种信息,但根据取样情况可能存在少量或大量的宿主污染,因需组装,数据量要求大,成本贵、周期长。宏转录组的好处是,跳出了DNA层面的束缚,可以获得实时活跃的、真正对群落有贡献的基因和通路,然而mRNA不如DNA稳定,此外多纯化和扩增的步骤也可能引入错误。
表1 三种技术的选择策略
关于16S的全流程,我在生信者言的千聊直播间里和大家做过系列课程分享,ppt可联系小秘书Anymore(微信号:genegogo007)获取,另外,专门针对16S的生信分析,也给大家做过一个详细的工具单和点评:《9个模块+40余款软件+老司机辣评 | 1