微生物组学数据分析工具综述 | 16S+宏基因组＋宏病毒组＋宏转录组--转载

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建立在高通量测序基础上的微生物群落研究，当前主要有三大类：基于16S/18S/ITS等扩增子做物种分类的Metataxanomics、鸟枪法打断全基因组DNA序列的Metagenomics和基于mRNA信息的宏转录组方法Meta-transcriptomics。

 

16S，也即是我们通常所说的微生物多样性，是一种相对快速和经济适用的方法，但是PCR导致了偏好的产生，这就降低了注释准确度。此外，由于原核、真核生物的“分类标签”完全不同，即使细菌和古菌的16S也相去甚远，以进化快著称的病毒更难以捕获。宏基因组有效避免了扩增偏差，由于是直接打断，理论上不限制物种（细菌、真菌、古菌、真核生物等，事实上当前宏基因组测序多还是以细菌为主），可能组装获得新基因乃至新物种信息，但根据取样情况可能存在少量或大量的宿主污染，因需组装，数据量要求大，成本贵、周期长。宏转录组的好处是，跳出了DNA层面的束缚，可以获得实时活跃的、真正对群落有贡献的基因和通路，然而mRNA不如DNA稳定,此外多纯化和扩增的步骤也可能引入错误。

 

表1 三种技术的选择策略

 

关于16S的全流程，我在生信者言的千聊直播间里和大家做过系列课程分享，ppt可联系小秘书Anymore（微信号：genegogo007）获取，另外，专门针对16S的生信分析，也给大家做过一个详细的工具单和点评：《9个模块＋40余款软件＋老司机辣评 | 1