转录调控

我们可以从转录调控中看到造物主的影子。 

 

基因表达调控包括转录水平、转录后水平和翻译水平。

转录调控是指通过改变转录速率从而改变基因表达的水平,其对遗传信息的传递的准确性和多样性具有重要的作用。真核生物的转录调控包括多种形式,例如DNA甲基化、组蛋白修饰、染色质重塑、转录因子等。

真核生物基因转录在细胞核内进行,而翻译则在细胞质中进行,因此转录后调控是基因表达调控的另一个重要方面,主要包括RNA可变剪接、RNA甲基化以及多种调控RNA(miRNA、lncRNA、circRNA)参与的转录后调控等。

尽管在真核生物中,基因调控主要发生在转录水平,但有些对细胞生存十分重要的蛋白质的合成,其调控也发生在翻译水平。这其中最为重要的几个方面是:mRNA的稳定性,翻译起始调节,翻译相关因子中起始因子的作用以及真核mRNA的结构等。

 

DNA甲基化:DNA甲基化(英语:DNA methylation)为DNA化学修饰的一种形式,能在不改变DNA序列的前提下,改变遗传表现。DNA甲基化过程会使甲基添加到DNA分子上,例如在胞嘧啶环的5'碳上:这种5'方向的DNA甲基化方式可见于所有脊椎动物。特定胞嘧碇受甲基化的情形,可利用亚硫酸盐定序(bisulfite sequencing)方式测定。DNA甲基化可能使基因沉默化,进而使其失去功能。

组蛋白修饰:组蛋白是与DNA结合的蛋白,它们会对基因的表达产生影响。组蛋白在相关酶作用下发生甲基化、乙酰化、磷酸化、腺苷酸化、泛素化、ADP核糖基化等修饰的过程。

染色质重塑:染色质重塑chromatin remodeling :基因表达的复制和重组等过程中,染色质的包装状态、核小体中组蛋白以及对应DNA分子会发生改变的分子机理。

转录因子:转录因子是与DNA特异性结合的一系列蛋白质。结合在DNA上的启动子以及增强子之类控制转录的区域上,促进或者抑制DNA上的遗传信息向RNA转录的过程。转录因子的这一机能可以单独,或者通过与其它蛋白质形成复合体来完成。人类的基因组上已经推定出大约1800个基因控制转录因子的编码。

 

转录调控太复杂了,但它确实真实存在的,单细胞的基因表达就是由转录调控综合决定的。

现在比较好入手的就是研究转录因子、可变剪切和lncRNA了。

 

能不能开发一个工具来挖掘这些调控信息,现在的基因表达数据的利用率太低了。

 

研究转录调控我想知道什么?
1. 在发育过程中,哪些核心的调控因子在调控着发育过程?
2. 在致病过程中,哪些核心的调控因子的失调导致了疾病?

 

基于pathway or genelist的NN模式识别,或者预测。
lncRNA与single cell的挖掘
到底是哪些因素在控制基因的表达调控

能不能开发出超越聚类的单细胞分析方法?

我的数据到底可以研究什么,不能研究什么?

组织、器官都是由单细胞组成的,单细胞内某一刻的基因表达是转录调控的结果,现在我们想知道生物体内的转录调控在发育和致病过程中是如何自发进行的!!!
trigger

https://github.com/slowkow/tftargets

human transcription factor download
transcription factor single cell
lncRNA target gene

 

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