数据上传到数据库_Aspera 上传到NCBI数据库的方法

Aspera 上传到NCBI数据库的方法

1.登录pubmed进行上传

选择上传方式

256290ce44418ba448641a452eb1fb9a.png

a.下载Aspera

进入官网 https://www.ibm.com/products/aspera/downloads 按指示下载

将文件安装于非中文的文件夹中备用

b93bc7bdc3f33ae35d9cc6aef365cbc0.png

b.找到程序所在的文件夹

(将AsperaConnect中间的空格去掉,路径中不要出现中文与空格)

633544ced6d2ba9f232e4e4676d75c39.png

找到地址栏中的文件路径复制于txt文件中

并在地址前输入cd+空格备用

601bdaf2a61d863daa134295dc540865.png

c.找到NCBI中的上传口令复制于一个txt文件中备用

(下图中的第一个红框中的内容,每个账户不同,使用自己账户中的口令)

ff1b14bb44be7ac3d1b182fc5f10be7f.png

注意下图中的红框内容

ed6edfc28af2c4390eec271da8bf0ba4.png

d. 找到 “asperaweb_id_dsa.openssh” 所在的文件夹路径

(不要有中文和空格)

b3a26cc1d328e7df495c5192d1254d3b.png

或者下载使用c步骤图中的“key file”的路径

复制到txt文件中备用

(要在地址末加上asperaweb_id_dsa的文件名,key file同理)

95f201ac3aa53b1359af094e5e58d4b4.png

e.找到要传输的文件(或包括所有文件的文件夹)的路径

(不要有中文与空格)

63100b3adf9aac01aca108ea76e65cd8.png

复制到txt文件中备用

28a5bd0e4eb167c5ec7289490e6bb58b.png

将asperaweb_id_das.openssh地址与所要上传的文件地址与上传命令中的内容进行替换(注意替换后要用空格将其分隔开)

8871c3db520661ad154fc842b5d184b4.png
替换前

718a6fb850b285c541369a098f8526f2.png
替换后

去掉其余无关内容,并多复制几次口令内容以防出现断连

3caba2d2f261d9faf63c600f72a43422.png

009ef9846ed59598a584241f07e287bd.png

保存txt文件后进行重命名为 .bat格式文件

418a630898faca3d464b4d45e4dde8d7.png

运行即可开始上传

或者使用win+R打开运行窗口后输入cmd打开命令行窗口

依次复制上述文件中内容后回车开始运行

4074f235de2130bae063bc54657b9567.png

出现提示表明传输完成

好的,下面是三种下载NCBI GEO数据方法方法一:使用wget命令下载GEO数据 1. 打开NCBI GEO网站(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/); 2. 在搜索框中输入GEO数据的ID,如GSE12345; 3. 在搜索结果页面中点击“FTP”按钮,进入FTP页面; 4. 复制FTP链接,如ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE12nnn/GSE12345/suppl/GSE12345_RAW.tar; 5. 在Linux终端中输入wget命令下载数据,如:wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE12nnn/GSE12345/suppl/GSE12345_RAW.tar。 方法二:使用rsync命令下载GEO数据 1. 打开NCBI GEO网站(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/); 2. 在搜索框中输入GEO数据的ID,如GSE12345; 3. 在搜索结果页面中点击“FTP”按钮,进入FTP页面; 4. 复制FTP链接,如ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE12nnn/GSE12345/suppl/GSE12345_RAW.tar; 5. 在Linux终端中输入rsync命令下载数据,如:rsync -avP rsync://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE12nnn/GSE12345/suppl/GSE12345_RAW.tar . 方法三:使用Aspera Connect下载GEO数据 1. 打开NCBI GEO网站(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/); 2. 在搜索框中输入GEO数据的ID,如GSE12345; 3. 在搜索结果页面中点击“FTP”按钮,进入FTP页面; 4. 点击“Aspera Connect”按钮,下载并安装Aspera Connect客户端; 5. 在Linux终端中输入ascp命令下载数据,如:ascp -QT -l 300m -P 33001 -i /path/to/aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-connect://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE12nnn/GSE12345/suppl/GSE12345_RAW.tar .。 以上是三种下载NCBI GEO数据方法,希望能帮到您。
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

红包个数最小为10个

红包金额最低5元

当前余额3.43前往充值 >
需支付:10.00
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明:

1.余额是钱包充值的虚拟货币,按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载,可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值