Post-condition Violation；Element ‘A‘ not found；Failed Expression: anum ＞ -1；rdkit解析pdb报错；PeriodicTab

在使用rdkit解析pdb文件的时候遇到了一个问题，我是使用zdock生成的decoys集，里面的某个蛋白质的decoys数据集都有问题，找了半天，终于找到原因了。
完整的错误是这样的：
Post-condition Violation
Element ‘A’ not found
Violation occurred on line 91 in file /tmp/pip-req-build-tzcdahwp/build/temp.linux-x86_64-3.7/rdkit/rdkit/Code/GraphMol/PeriodicTable.h
Failed Expression: anum > -1

遇到这个错误，我首先想的是更改rdkit读取pdb文件代码的参数，但是没啥用，因为这几个参数，都是清洗数据的，而这个错误是因为你的pdb文件不符合标准格式造成的

MolFromPDBFile(path,sanitize=True,removeHs=True,flavor=0,proximityBonding=False)
Chem.MolFromPDBFile(file, removeHs=False, flavor=1, sanitize=False)

那不是调整参数能解决的，应该如何解决呢？
再回去看错误，他说是这个路径下的PeriodicTable.h文件里面报了这个异常，这时候就找这个文件，发现，找不到！
但是，rdkit是开源的，直接搜rdkit PeriodicTable.h的源码，我们可以找到这个文件的源码，我把链接放在下面：