datagridview 筛选_药物筛选设计及分子模拟软件Schrodinger的使用(2) | 对接及基于受体的虚拟筛选(详细)...

作者:石诚

来源:大科研小分享(Ai_Fen_Xiang2020)

您可能感兴趣的 药物筛选设计及分子模拟软件Schrodinger的使用(1) |  先导化合物的优化与相互作用可视化 使用autodock执行小分子和蛋白质的共价对接 MOE的基本使用(1)—小分子与蛋白质的对接 使用激酶抑制剂评估9个对接程序的性能 蛋白质与小分子结构准备 从PDB,供应商和其他来源获得的结构文件通常缺少执行建模相关任务所需的信息。通常,这些文件缺少氢,部分电荷,侧链和/或整个环区域。为了使这些结构适合建模任务,我们需要对其进行结构准备。类似地,配体文件可以从许多地方(例如供应商或数据库)获得,通常采用化学性质不标准化的1D或2D结构形式。LigPrep可以将配体文件转换为3D结构,并对其化学结构进行正确的标准化可用于虚拟筛选。 导入蛋白质,结构准备 0891b634-4922-eb11-8da9-e4434bdf6706.png 0b91b634-4922-eb11-8da9-e4434bdf6706.png 0d91b634-4922-eb11-8da9-e4434bdf6706.png 0e91b634-4922-eb11-8da9-e4434bdf6706.png 导入化合物库及结构准备 1091b634-4922-eb11-8da9-e4434bdf6706.png 产生受体网格(对接位点) 处理后的小分子库如图所示,我们现在产生受体网格,没有的话在task里面查找:Receptor Grid Generation 1291b634-4922-eb11-8da9-e4434bdf6706.png 选择Identify the ligand (Molecule) 并显示标记Show Markers 1391b634-4922-eb11-8da9-e4434bdf6706.png 点击位点,选择Centroid of Workspace ligand (selected in the Receptor tab) 注意,我这里是因为下载的晶体复合物结构本来就有配体,所以这里直接指定了以这个配体为结合位点进行对接。如果没有位点需要自己设定,如第二项选择残基或者第三项自己指定对接区域 1491b634-4922-eb11-8da9-e4434bdf6706.png 然后我们调节一下受体网格大小(大家可以根据自己的需要调节) 1591b634-4922-eb11-8da9-e4434bdf6706.png 我个人觉得这个体系不需要做束缚,但是这里还是讲一下吧,constraints >pick 。再点击你想束缚的原子(Glide对金属离子有两种束缚方式,这里其实我应该选择Metal Coordination),点击run 1691b634-4922-eb11-8da9-e4434bdf6706.png 对接分子库(虚拟筛选) 打开 Ligand Docking 1791b634-4922-eb11-8da9-e4434bdf6706.png 导入刚才计算的格点文件与准备好的小分子库文件 1891b634-4922-eb11-8da9-e4434bdf6706.png 加入束缚>run 1991b634-4922-eb11-8da9-e4434bdf6706.png 然后再output界面选择Write per-residue interaction scores>run 1a91b634-4922-eb11-8da9-e4434bdf6706.png 对接单个分子 选择需要对接的配体,然后选择Project Table (selected entries)>点击run 1b91b634-4922-eb11-8da9-e4434bdf6706.png 查看结果 这里我们已经得到了对接结果,然后我们选择Tasks > Browse > Receptor-Based Virtual Screening > Pose Viewer 1c91b634-4922-eb11-8da9-e4434bdf6706.png 点击setup结果已经展示出来了(其实这两步有些多余,哈哈) 1e91b634-4922-eb11-8da9-e4434bdf6706.png 点击table可以看到打分结果(越负越好) 2191b634-4922-eb11-8da9-e4434bdf6706.png

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