差异表达基因热图怎么看_GEO芯片找差异表达基因 画火山图|数据挖掘

今天讲讲如何从芯片数据中寻找到差异表达的基因。

首先，我们得知道为什么我们需要找这些差异表达的基因 (DEGs)。拿肿瘤来说，在肿瘤的发生发展过程中，很多平时沉默的基因开始高表达，而原本那些正常表达的基因，它们的表达量可能就会下调。也恰恰这些与平时正常基因表达量发生变化的基因，它们的存在启动了肿瘤的发生。所以，如果我们要研究肿瘤发生的机制，研究这些差异表达的基因是必不可少的。

今天介绍一下经典R包limma。limma既可以用于分析芯片数据，也可以分析NGS测序的数据，其核心是通过线性模型去估算不同分组中基因表达量的均值和方差，从而进行差异分析。

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核心知识点

limma需要的输入文件有：

• 表达矩阵 (exprSet)(这个容易获得)，芯片数据可以通过exprSet()，常规的转录组可以通过read.csv(),read.table()等导入

• 分组矩阵 (design) ：就是将表达矩阵的列(各个样本)分成几组(例如最简单的case-control【通过model