phyml:基于最大似然法构建进化树

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phyml 是基于最大似然法原理构建系统发生树的软件，官网如下

http://www.atgc-montpellier.fr/phyml/

官网提供了在线服务，截图如下

共分成了四大部分

1. Input Data

输入文件为多序列比对的结果，支持以下两种格式

1. phylip interleaved

2. phylip sequential

这两种格式的文件都可以有 muscle 产生， 代码如下
phylip interleaved

muscle -phys   -in input.fa -out output.phys

phylip sequential

muscle -phyi   -in input.fa -out output.phyi

需要注意的是，muscle默认输出的phylip格式不能满足phyml的要求，需要进行调整，把序列合并成一行就可以了。其他的多序列比对软件，mafft 只支持输出fasta和clustalw格式的多序列比对结果，clustal 可以产生phylip 格式的文件。

目前存在的问题是，缺少多序列比对格式转换的脚本。如果想要全面支持mafft, clustal, muscle的结果，需要自己编写脚本修改结果文件的格式。

2. Subsitution Model

正是由于碱基或者氨基酸的替换，才导致了不同物种的演化，保证了物种的多样性。在构建进化树时，需要选择合适的替换模型，保证进化树的准确性。 采用默认值即可。

3. Tree Searching

采用迭代的方式，不断优化树的结构。 采用默认值即可。

4. Branch Support

进化树中的分支长度代表了不同物种的进化距离，这部分采用不同算法评估进化树中每个分支长度的可靠性。通常情况下，会选择bootstrap。

也可以下载到本地运行，安装过程如下

wget http://www.atgc-montpellier.fr/download/binaries/phyml/PhyML-3.1.zip
unzip PhyML-3.1.zip

采用的是命令行交互式运行的方式，在命令行输入对应的程序名称，后续步骤和在线服务类似，也是分成了4个步骤。每个步骤之间通过+键进行确认，最后通过Y键运行。

默认生成的tree 文件是 Newick格式， 可以导入 figTree 或者 TreeViewer等软件中进行查看。

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