phyml:基于最大似然法构建进化树

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phyml 是基于最大似然法原理构建系统发生树的软件，官网如下

http://www.atgc-montpellier.fr/phyml/

官网提供了在线服务，截图如下

共分成了四大部分

1. Input Data

输入文件为多序列比对的结果，支持以下两种格式

1. phylip interleaved

2. phylip sequential

这两种格式的文件都可以有 muscle 产生， 代码如下
phylip interleaved

muscle -phys   -in input.fa -out output.phys

phylip sequential

muscle -phyi   -in input.fa -out output.phyi

需要注意的是，muscle默认输出的phylip格式不能满足phyml的要求，需要进行调整，把序列合并成一行就可以了。其他的多序列比对软件，mafft 只支持输出fasta和clustalw格式的多序列比对结果，clustal 可以产生phylip 格式的文件。

目前存在的问题是，缺少多序列比对格式转换的脚本。如果想要全面支持ma