一键！构建最大似然树~ 简单又准确

写在前面

很多人都知道“建树”，NJ树，最大似然树 - ML，贝叶斯法建树~ 建树的目的常常有两个：

• 分类

• 推断演化顺序

• 其他 - 如分析基因家族扩张收缩等

很多人都会用 mega 来建树，因为他非常方便，导入序列，点击多序列比对，然后就建树（mega默认在建树前可以选择按有效位点比例剪切）。事实上，中间还缺一个关键步骤，我相信很多不接触演化的朋友完全不知道。那就是“筛选合适的氨基酸替换模型”。IQ-tree的横空出世，解决了这一问题。软件的流行，不仅仅在于其快慢，还在于其方便程度。
当然，要做最方便，那么最好是，多序列比对 和 比对结果修剪 都直接自动化起来。对于专门做演化，尤其是质体基因组的朋友，如果需要界面化工具，那么我一般推荐的是老铁张东开发的“Phylosuite”。当然，如果是 TBtools 用户，又想偷个懒，快速画个进化树看看，那么可以用今天推出的最新功能“One Step Build a ML Tree”。

一键构建进化树

一直以来，我不太想写这个功能，一者是觉得没必要，二者是懒得动。但前段时间在演示 TBtools 的使用时，我发现绝大多数人，其实跟我一样，能偷懒的地方也像偷懒。我们还是不够勤奋，无妨。有限的时间，还是要用在点上才好，于是我开放了早就写好的一键建树功能，大体如下：

1. 输入蛋白序列（无需比对）

2. 输出文件路径

3. 点击开始

4. 等待即可
   期间，该功能会调用 Muscl 进行多序列比对，使用 trimAI 修剪比对结果，最后调用 IQ-tree 自动筛选氨基酸替换模型，然后建一个ML树。完成了，就输出进化树文本，并弹窗一个进化树，可以快速分析。

使用示例

打开 TBtools，先喝一碗主界面的鸡汤，然后选择到功能

总之，打开界面之后，几乎只需要做两个事情，把蛋白序列放进去，然后设置输出文件，点击 Start 即可。

如果设置直接文本输出，那么结果如下

建树完成会自动弹出一个绘制好的进化树

写在最后

Emmm，简单的工具，其实不需要说明书。