基因共表达网络分析java,EXCEL竟能如此简单地搞定基因共表达网络分析

原标题：EXCEL竟能如此简单地搞定基因共表达网络分析

基因与基因之间的关系千丝万缕，基因共表达网络(Gene co-expression network)是用来分析基因间作用关系的一种常用手段。诚然，通过像STRING、PINA等数据库工具可以很容易的获取编码基因间的作用关系，但是只能获取已知的作用关系，并且结论可能会由于具体实验条件的不同而产生一定的偏差。此外，在预测非编码基因的靶基因时，除了各种靶基因预测工具，基因共表达网络分析也是一件利器。

其实基因共表达网络分析并非十分复杂的分析，用EXCEL就能搞定其中的数据处理。

先来说说基因共表达网络分析的流程：

1、获取基因表达数据，进行数据标准化；

2、筛选差异基因，构建差异基因的表达矩阵；

3、计算差异基因间的表达相关性系数；

4、利用Cytoscape构建网络，分析网络拓扑结构。

前两步的具体方法在前面的文章中讲过()，这里就不赘述了，差异基因的表达矩阵利用vlookup函数即可构建。

今天实操过程中用的是GEO中Series Matrix File(s)格式的数据。