基因共表达网络分析java,基因共表达——基因共表达网络分析

Gene co-expression(基因共表达)是一种使用大量基因表达数据构建基因间的相关性，从而挖掘基因功能的一类分析方法。

在很多情况下，有着相似行为/变化的物质，会存在着一定的联系。在生物中，存在于同一个通路的基因在表达值上，会表现出共表达的趋势(co-expression patterns)，通过这个特性可以进行基因功能(一般的基因注释是通过序列的相似性，而通过基因共表达可以进行功能同源基因的注释)、module等的挖掘，这是一种guilt-by-association的思想。module 指的是在共表达网络中，一组相互连接紧密的node(基因)，一般认为一个module中的基因在功能上是相关的。通常通过设定阕值来进行寻找

在共表达分析中，有两种有效的策略Guide-genes 和Non-targeted：

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Guide-genes策略是，先找到感兴趣的基因/通路的共表达基因，进行可视化，然后再加入另外的基因，看两次加入的基因之间存在怎样的关系，以此来基因的关系。

Non-targeted 策略与Guide-genes不同，它没有感兴趣的基因，所以它从头构建了所有表达数据的共表达网络，然后寻找其中的module。然后然后去探究module的功能。Non-target策略中检测module的方法