差异表达基因热图怎么看_获得差异表达基因后-基因功能注释

基因功能注释一言以概之，就是symbol--->ENTREZID--->GO/KEGG/GSEA。
第一步：加载包
library(DOSE)

library(GO.db)

library(org.Hs.eg.db)

library(topGO)

library(GSEABase)

library(clusterProfiler)

没安装的请自行安装

第二步：symbol--->ENTREZID

###上调基因注释

gene <- resSig_up$symbol

gene = bitr(gene, fromType="SYMBOL", toType="ENTREZID", OrgDb="org.Hs.eg.db")

org.Hs.eg.db是symbol转换成ENTREZID所依据的数据库，ENTREZID关联着很多文献数据，为后面的功能注释提供线索，所以需要ID转换。

第三步：GO和KEGG注释

###细胞组分

ego_CC <- enrichGO(gene = gene$ENTREZID,

OrgDb= org.Hs.eg.db,

ont = "CC",

pAdjustMetho